La méthode et la rigueur, grandes absentes de la Covid-19

Il n’y a plus d’analyse de résolutions de problèmes dans nos institutions. L’émotionnel, le ressenti font la loi. Il en va de même pour la gestion de la crise covid.

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La méthode et la rigueur, grandes absentes de la Covid-19

Publié le 24 février 2021
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Par Michel Negynas.

Entre la terreur du changement climatique, les objectifs de réduction des émissions de CO2 risibles tellement elles sont irréalistes, les ENR dont l’intermittence est niée, les perturbateurs endocriniens qui vont nous faite interdire tous nos objets courants, les solutions « miracle » régulièrement promues pour que notre pays rattrape 40 ans d’incurie industrielle, il n’y a plus d’analyse de résolutions de problèmes dans nos institutions. L’émotionnel, le ressenti font la loi.

Pour la gestion de la Covid-19, nous sommes dans la continuité de cette ambiance. Plus d’un an après le début de la pandémie, rien n’a été organisé correctement pour la piloter. On a empilé des organismes (Conseil Scientifique, Comité pour la recherche et l’expertise, acronyme CARE, très discret…) plus ou moins redondants, plus ou moins en désaccord, certains membres affichant médiatiquement des  positons personnelles, mettant le gouvernement en difficulté… Rien de concret n’est sorti de tout cela, sauf de vagues courbes prédictives, issues de modélisations dont on ne sait rien, et surtout, bâties à partir d’indicateurs foireux (air connu dans d’autres domaines…).

Les indicateurs et leur mesure

On change d’indicateur de pilotage en fonction des situations : au début, c’était le nombre de réanimations pour pallier l’insuffisance de nos moyens hospitaliers. Sauf que ce n’était pas vraiment un indicateur mais la conséquence d’un processus dont le vrai indicateur était la circulation du virus… sauf qu’il n’y avait pas de tests.

Taux d’incidence

Alors que les soignants ont fait des progrès se traduisant par une moindre pression sur la réanimation, l’indicateur choisi est le « taux d’incidence », c’est-à-dire le nombre de cas positifs trouvés par rapport à la population. Chacun comprendra que c’est insensé, puisque la première variable affectant cet indicateur est le nombre de tests effectués. La région qui fait le plus de tests est fatalement montrée du doigt.

la méthode

Le diagramme ci-dessus délivré par le site du gouvernement est peu lisible (le nombre de tests en gris, les tests positifs en rouge) car il ne lisse pas les week-ends. Mais on voit en gros que la variation du nombre de cas positifs est corrélée à la variation du nombre de tests. Ceci est d’ailleurs plus net sur les chiffres du week-end  qu’en semaine. On pourrait objecter qu’à partir de fin décembre, ce n’est plus vrai… sauf qu’on a progressivement changé la mesure, en décembre, par changement de méthode de comptabilisation et par diversification des tests, certains ayant des fiabilités inférieures (voir le « point d’attention »).

Taux de positivité des tests

Évidemment, la remarque ci-dessus s’applique aussi au taux de positivité qui découle du nombre de cas et du nombre de tests. Il est un peu meilleur, mais cet indicateur est également influencé par la nature des cohortes qui viennent se faire tester. Juste avant le nouvel an, on voit bien, sur le diagramme, qu’il y a eu un grand nombre de tests de « précaution ».

Pertinence des mesures

Il y a pire : un an après le début, il n’est toujours pas possible d’avoir une norme pour les tests PCR, ni même d’avoir un état des normes utilisées par les laboratoires. Or le test PCR est basé sur le nombre d’amplification des fragments de virus initiaux pour arriver à un seuil de détection donné (chiffre C indice t). Le C doit être un compromis entre C faible (faux négatifs élevés) et C fort (faux positif élevé).

Et la situation actuelle est encore plus surréaliste puisqu’on mélange dans les mêmes indicateurs des tests très différents sur le plan des prélèvements et des méthodes.

Taux de reproductivité du virus R effectif

Ce taux est censé chiffrer combien en moyenne une personne infectée en contamine d’autres. Il est quasi impossible à calculer car il dépend de nombreux paramètres comportementaux et environnementaux. Même les chercheurs qui tentent de le modéliser ne peuvent qu’estimer certaines des variables.

Nota : les confinements ont été du 17 mars à 12 heures au 11 mai 2020, et une deuxième fois, en allégé,  du 30 octobre 2020 au 15 décembre 2020. Or, on voit une cassure fin novembre. Pourquoi ?

On ne sait pas grand-chose sur la méthode de calcul du gouvernement. Certes, les codes informatiques source sont en open data, mais sans commentaires… bon courage pour s’y plonger.

La meilleure description est ici. Si cela n’a pas changé depuis la publication de cet article, le R est très approximatif ; on prend le nombre de cas suspects aux urgences et on le divise par le même cinq jours plus tôt… sachant qu’il est établi que le nombre d’urgences Covid est tributaire de bien d’autres variables. De plus, se pose le problème des asymptomatiques…

En outre, et c’est une remarque générale sur les courbes présentées par le gouvernement, il faut se méfier de celles supposées représenter des phénomènes réels et qui présentent de brusques changements de pente, et même des discontinuités. Le mystère du 30 septembre n’a jamais vraiment été expliqué.

Entrées en hospitalisation

Cet indicateur est probablement le plus fiable, mais il se situe déjà très en aval de l’évènement générateur, qui est la contamination (probablement deux semaines). Il est aussi dépendant des protocoles de traitement. Si on suit ce que fait l’IHU de Marseille, davantage d’hospitalisations préventives conduirait à moins de réanimations.

Entrées en réanimation

Cet indicateur dépend grandement des protocoles de soin, il est peu fiable sur le long terme. Et il est encore plus en retard par rapport au fait générateur.

Décès

Cet indicateur est peu fiable. Il est complètement décalé dans le temps, dépend des protocoles de soins, et surtout il est dépendant de deux variables : Covid et comorbidité. L’évolution de la situation pose d’ailleurs des questions gênantes : pourquoi, alors que nous n’avons que 60 % des lits de réanimations occupés par des patients atteints par la Covid, il y a autant de décès, voire davantage, que lors de la première épidémie ? Pourquoi le virus circule toujours en Suède alors qu’il n’y a plus de décès ?

Un trésor inexploité

Dès avril, le CARE avait identifié la possibilité d’analyser et de quantifier la présence de fragments de virus dans les eaux usées. Sauf qu’en février 2021, le réseau de collecte des données Obepine est toujours en construction… Il peut toutefois être consulté, et c’est très intéressant.

Le problème, c’est qu’il est en retard de trois semaines par rapport à l’évènement… alors même que l’intérêt de la méthode est qu’elle anticipe les évolutions : on a constaté que les mesures montent deux à trois jours avant que soit constatée une montée des tests positifs…

Pendant ce temps-là, les pompiers de Marseille ont développé la méthode pour l’appliquer en temps réel à l’heure près et n’ont pas eu besoin de CARE… Ils sont d’ailleurs maintenant sollicités par d’autres collectivités en France pour promouvoir leur savoir-faire…

Les industriels de l’épuration, parties prenantes d’Obepine, ont même développé un nouveau service pour leurs clients.

Nota : j’invite le lecteur à regarder les courbes dans Obépine. Dans beaucoup de cas, la corrélation entre la variation de détection dans les eaux usées et l’évolution du nombre d’infections n’est pas évidente, ce qui confirme le peu de fiabilité des indicateurs basés sur les tests.

En outre, la variation du taux de détection et les dates de prises de décision des mesures sociales (confinement ou couvre-feux) sont loin de coïncider dans tous les cas.

Des questions sans réponse

La pandémie a révélé la partition du monde médical.

D’un côté, une recherche qui ne fait pas de bruit, mais qui est incroyablement performante, y compris sur le plan technologique : vaccins, séquenceurs, respirateurs…

De l’autre, des soignants incroyablement dévoués et pragmatiques qui ont trouvé des solutions dans des hôpitaux qui étaient déjà en crise.

Entre les deux, une faune hétéroclite composée de mandarins hors des circuits depuis longtemps, d’épidémiologistes modélisateurs, de fonctionnaires médicaux qui devraient fournir des réponses à nos questions : où se contamine-t-on ? Le confinement est-il utile et quelle est son efficacité ? Pourquoi certains pays sont plus touchés que d’autres ? Existe-t-il des médicaments efficaces ?…

Ce sont ceux-là qui n’ont aucune autre méthode que des modélisations exponentielles à partir de données douteuses et campent, contre toute évidence, sur les essais en double aveugle.

J’ai déjà signalé la vidéo de John Ioannidis.

En mars 2020, il dénonçait déjà le manque de données fiables.

The most valuable piece of information for answering those questions would be to know the current prevalence of the infection in a random sample of a population and to repeat this exercise at regular time intervals to estimate the incidence of new infections. Sadly, that’s information we don’t have.

Traduction : Les informations de plus grande valeur pour répondre à ces questions seraient de connaître la prévalence de l’infection en temps réel dans un échantillon de population tiré au sort et de répéter cet exercice à des intervalles de temps réguliers pour estimer l’incidence des nouvelles infections. Malheureusement, nous ne les avons pas.

Et en février 2021, je les ai cherchées en vain.

Quand on détecte 6 % de positifs dans les tests, on ne sait toujours pas si cela correspond à une prévalence deux fois, trois fois ou cinq fois plus élevée dans la population.  

Renforcer la méthode et la rigueur

Ces constatations ne visent pas à prendre parti sur toutes les controverses suscitées par la maladie, car cette épidémie est très difficile à cerner du fait de certaines caractéristiques :

  • nombreux asymptomatiques,
  • faible mortalité globale, mais grande hétérogénéité, quasiment individualisée. Elle est centrée presque exclusivement sur les personnes âgées et celles ayant des morbidités chroniques.

C’est un défi pour les statisticiens, à l’origine par exemple des débats surréalistes sur l’efficacité des médicaments. Raison de plus pour y introduire rigueur et méthode.

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  • Les décès sont la moins mauvaise des suites temporelles pour caractériser l’épidémie. Le plus difficile est de quantifier la letalité moyenne, ou IFR moyen en anglais pour évaluer le nombre de personnes infectées à partir des décès. A ne pas confondre avec les tests positifs. Il y a plusieurs publications en ce sens récentes. Quant au taux de reproduction, R, désolé mais il n’y a pas que la méthode de Cori expliquée sur le site covidtracker ! D’ailleurs cette méthode qui est bien validée par ailleurs à l’inconvénient.de fluctuer beaucoup avec des données bruitées, S’attacher au détail des variations de R n’a pas de sens. Il n’y a pas de méthode simple pour analyser la covid, à cause de ses spécificités.

    • il n’y pas de méthode simple pour caractériser un truc qui dépend non pas du virus mais de la somme des spécificités individuelles des contagions, donc immunité des individus, complexité desmodes de vie interagissant avec les propriétés du virus..

      on pourrait appeler ça le miracle gaussien ou normal… ou la magie des grands nombres..

      mais illusion de compréhension.

  • ouaip…

    mais vous donnez aussi la cause.. « gouvernance par l’émotion »..

    être élu, passer pour un sauveur sinon passer pour utile…

    mais je dois dire que j’admire la capacité à prétendre anticiper la propagation des nouveau mutants..

    bon sans doute une des raisons a été la construction d’un mythe « scientifique »… ou sur les scientifiques..
    ce qui semble rendre incapable un chercheur payé par l’argent public de dire « je ne sais pas et je crois qu’on ne peut pas savoir »..la trouille du « mais pourquoi qu’on vous paye!!?? »..

    mais attention, suivre une épidémie ne vous permet PAS de connaitre son évolution sans faire des hypothèses… si le virus ne change pas ( mutation) si nous saisissons bien les mécanismes de propagation, ( ce qui se vérifie a posteriori, comme les modèles) alors voila ce qui peut se passer… le suivi épidémique semble être un minimum mais il faut aussi rester humble…

  • Pourquoi le virus circule toujours en Suède alors qu’il n’y a plus de décès ?
    Tout simplement parce que les mises à jour des décès en Suède sont telles que depuis des mois, on peut voir sur la courbe une fantastique amélioration sur les 15 derniers jours du moment, amélioration qui aura disparu quand ces 15 derniers jours auront été complétés.

    • ben si monsieur moins un ..pour qui suit les chiffres suédois sans savoir lire le suédois ils semblent faire comme ça…

    • Actuellement, les suédois sont retournés en dessous de nous en nombre de morts par million d’habitants…
      Je me suis amusé à collecter les données et faire l’exercice depuis le début d’année (car actuellement, c’est sur la totalité des morts sur google).
      Pour le moment, la Suède est devant nous, mais l’écart diminue progressivement.

  • Oui, l’émotion a depuis longtemps fait place à la raison.
    Depuis un an, on nous abreuve d’indicateurs sur un ton péremptoire mais on est incapables d’en estimer l’incertitude, paramètre essentiel pour qui fournit des résultats à partir de mesures.
    Pour ce qui concerne le taux d’incidence, on est dans un autre registre, plus proche de la malhonnêteté intellectuelle que de la science.
    C’est comme si on décidait à faire des contrôles de vitesse sur toutes les routes d’un département, la conclusion serait une augmentation spectaculaire des délits routiers dans ce même département.
    Que des médecins adhèrent à cette politique, dont « la méthode et la rigueur » sont absentes devrait nous inquiéter.
    Cette crise cache peut-être un problème encore bien plus grave, celui de la formation scientifique des médecins et plus généralement le peu d’esprit dont nous sommes collectivement animés.

  • Bravo et merci pour ces constats implacables. Un tel amateurisme, sur une durée aussi longue, devrait ruiner à jamais la crédibilité de ceux qui sont aux responsabilités.
    Encore une fois, ce sont les opérationnels, chacun dans leur spécialité, qui détiennent les clés. Le fait qu’ils soient ignorés, voire réduits au silence et calomniés quand ils sortent du « sanitairement correct », montrent que les autorités n’ont pas pour priorité de sortir de la crise. Leur priorité, c’est couvrir leurs défaillances, maintenir et amplifier leur contrôle de la population et faire faire de l’argent à ceux (il y en a) qui profitent de cette catastrophe.

  • « Pertinence des mesures »
    Détecter des traces d’ADN viral dans les narines et les fosses nasales ( qui sont en quelque sorte les filtres à air de nos poumons) ne peut en aucun cas constituer une « mesure scientifique » du nombre de personnes réellement malades. Un virus présent à la surface d’une muqueuse est-il systématiquement contaminant quelle que soit sa concentration? Je croyais que la seule façon de détecter la maladie nécessitait de faire un test de détection des anticorps spécifiques indiquant que le système immunitaire avait déjà réagi à l’attaque virale.
    A-t-on effectué parmi les 20 000 ou 30 000 « cas » détectés journellement un suivi de ces cas permettant de quantifier les personnes réellement malades ( infectées, voire contaminantes même asymptomatiques?). On a peut-être hospitalisé un peu vite des patients qui s’ils avaient été soignés précocement par leur médecin traitant, auraient échappé aux formes graves de la maladie et à la mise en réa? Partant de là, considérer que le nombre de patient en réa et le nombre de décès soient de bons indicateurs, j’ai quand même un doute!

  • Votre grosse erreur est qu’un virus qu’on ne connait pas, qui déroute les meilleurs en évoluant de façon peu prévisible, ne se pilote pas.
    On ne peut que tenter de soigner au mieux les malades (comme dans une certaine ville du sud de la France) et tenter, au milieu des thérapies, de trouver des vaccins qui ne feront qu’accompagner les thérapies, comme l’HCQ ou l’Ivermectine.
    Cette épidémie s’arrêtera-t-elle au printemps pour ne jamais plus revenir ou durera-t-elle encore des années? On n’en sait strictement rien.
    La seule chose qui soit à peu près certaine, c’est que les gesticulations des politiciens, les confinements, les couvre-feux, les fermetures de restaurants, les masques en plein air, la fermeture des remontées mécaniques, ne servent à RIEN. Seules les femetures des boîtes de nuit ont un sens.

    • Après un an et des études dans le monde entier, justement, on devrait quand même en savoir plus….si on avait des informations pertinentes.

      • on en saurait plus et on pourrait sans doute prédire mieux mais avec toujours par exemple la possibilité de mutations qui peut éventuellement remettre les connaissance à « zéro ».. et les surprises liés au virus ne frappant jamais les mêmes populations..

        mais je vois où vous voulez en venir; je suis ( pas le seul! ) aussi stupéfait qu’on ne fasse pas un véritable suivi épidémique..ne serait ce que pour comprendre..en guise de méthodologie , on vous explique comment ils comptent..

    • Même la fermeture des boites de nuits ne fait pas de sens: les vieux, qui sont les plus touchés par ce virus, s’ils vont en boîte de nuit ressortent les pieds en avant de toute façon… c’est qu’il faut l’encaisser la sono, l’alcool, la drague et tout ça ce n’est plus de leur âge. Et en étant restrictif, on peut demander aux « clubbers » de faire un test rapide avant de rentrer dans la boîte de nuit. De toute façon il y a des systèmes d’aérations très performants dans les boites de nuit… Pour des jeunes ça fera l’affaire hein laissez-les (re)vivre. Ça évitera qu’ils n’embêtent tout un quartier résidentiel à faire des soirées privées.

  • Mon expérience personnelle est que quand on n’arrive pas à résoudre un problème, il faut tout reprendre à zéro :

    – admettre l’échec,
    – tout jeter,
    – se donner les moyens qu’on a négligé et qui ont fait défaut,
    – rechercher les hypothèses de base qui sont erronées et en particulier remettre en cause la moindre évidence,
    – reprendre pas à pas en vérifiant chaque étape.

    Ce n’est déjà pas évident pour un individu – en particulier admettre l’échec et remettre en cause les évidences. Pour un gouvernement ou un politicien (amateur ou professionnel) c’est mission impossible.

  • Article très intéressant et bienvenu car soulignant l’incroyable absence de fiabilité de TOUS les indicateurs sur le Covid, alors que le premier devoir d’un épidémiologiste devrait être de construire un ensemble d’indicateurs fiables et reproductible d’un pays à l’autre de manière cohérente et homogène !

    « Pourquoi, alors que nous n’avons que 60 % des lits de réanimations occupés par des patients atteints par la Covid, il y a autant de décès, voire davantage, que lors de la première épidémie ? Pourquoi le virus circule toujours en Suède alors qu’il n’y a plus de décès ? »

    La réponse à la 1ère question semble être que contaminations, hospitalisations, réanimations et décès ont été beaucoup plus étalés dans le temps dans la phase octobre – février actuelle que dans la phase mars – avril 2020, avec un pic deux fois inférieur => pic de réanimations beaucoup plus important aussi dans cette phase.
    Pour la Suède, la réponse semble bien plus délicate : dénombrement différent des décès (et dans le temps => attendre avant de conclure), type de population contaminée en ce moment (les jeunes), protection des personnes à risques (qu’il n’avait pas effectuée en mars-avril 2020), … ?

  • Je partage très clairement cette analyse !
    Ayant eu à pratiquer des analyses statistiques assez poussées dans un autre domaine où elles s’appliquent assez bien (les transports de personnes), il existe des moyens pour connaître mieux la réalité.
    Car clairement le « taux d’incidence » n’est absolument pas représentatif, montant quand le nombre de tests augmente.
    Mais, inversement, le « taux de positivité », lui, diminue quand le nombre de tests augmente (comme avant Noël).
    Je ne parle même pas du « taux d’occupation des lits en réanimation » : le numérateur porte sur tous les malades « Covid » d’un hôpital, mais le dénominateur ne compte que les lits de « pure » réanimation, et en plus que ceux qui existaient au 1er janvier 2020 (oui, 2020), c’est-à-dire des périmètres différents. Calculé sur tous les lits pouvant être utilisés pour des patients « Covid », ce taux est de moins de 30% alors que SPF affiche environ 65% ces temps-ci.
    Ces « taux » ne sont donc pas de vrais taux sur des échantillons représentatifs et des périmètres cohérents.
    Du coup, l’idée de faire des « sondages-tests » sur quelques milliers de personnes est probablement la meilleure.
    Comme il y a plusieurs millions de tests effectués chaque mois, si le gouvernement ne fait pas ce genre de « sondages-tests, c’est qu’il ne le veut pas !
    Il aime bien en fait ces multiples « indicateurs » plus ou moins bidons, il peut choisir celui qui fait peur au jour le jour.

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