Covid-19 : la fin du début ? (2)

La bonne question n’est pas de savoir si l’épidémie est « finie », mais de savoir si nous avons atteint un point où la maladie ne se propagerait plus si certaines mesures étaient abandonnées.

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Covid-19 : la fin du début ? (2)

Publié le 23 juillet 2020
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Par Philippe Lacoude. 

Comme nous l’avons vu dans le précédent billet, pour SARS-CoV-2, le nombre de reproduction de base, ou R0, est environ 3,0.

Ceci implique trois nouveaux cas générés par malade, en moyenne, quand tous les individus sont susceptibles et avant que ne soient prises des mesures prophylactiques particulières.

Si rien n’était fait, il faudrait donc attendre que deux-tiers de la population générale soit infectée avant que l’épidémie ne s’arrête.

Le taux de reproduction effectif

Mais est-ce vraiment le cas ?

Non. Et une critique doit être apportée sur le sujet car certains politiques sont envoûtés par ce nombre magique.

Le R0 est un concept extrêmement intuitif : si je suis contagieux pendant 15 jours, combien de personnes vais-je infecter ? Encore une fois, ceci dépend du nombre de personnes que je vois habituellement en quinze jours et le R0 ne peut donc être qu’une moyenne d’une distribution d’une variable aléatoire, comme nous l’avons vu précédemment.

Eh bien, il suffit de changer le nombre de contacts par personne ainsi que le risque de chaque contact (masques, gants, lavage de mains, absence de contact physique) pour que change le nombre de personnes infectées – en moyenne – par chaque patient.

En réalité, au fur et à mesure que l’épidémie se propage, des proportions variables de la population sont immunisées contre la maladie à un moment donné. Pour tenir compte de cela, on définit le taux de reproduction effectif, souvent noté Re et parfois noté Rt, comme nombre moyen de nouvelles infections causées par un seul individu infecté au temps t dans la population partiellement sensible.

Une valeur naïve de Rt peut être trouvée simplement en multipliant R0 par la fraction S(t)/N de la population N qui est encore susceptible S à l’instant t.

Si le R0 est la distribution d’une variable aléatoire, le Rt l’est donc aussi. Et si le R0 a une forte variance, Rt va aussi avoir une forte variance. Ainsi, tout ce que nous avons dit dans la première partie à propos des conséquences de la forte variance de R0 pour SARS-CoV-2 s’applique toujours au cours de l’épidémie. 

Mais cette approximation est simplifiée car, s’il existe de multiples façons de calculer R0, il en existe encore plus d’estimer Rt.

Non seulement Rt dépend de la population susceptible S(t) – ceux qui ne sont pas immunisés – mais aussi du comportement de ces derniers. Ainsi, bien qu’il soit par définition impossible de modifier R0 pour une population et une culture donnée même grâce à la vaccination ou d’autres changements comportementaux, Rt est modifié par ces derniers.

Chaque mesure, individuelle ou étatique, a un effet sur Rt qui est différent des autres et différent par pays. Distanciation physique, protocoles médicaux, fermetures d’école, isolation, les chercheurs commencent à avoir assez de données pour arriver à mesurer l’efficacité de chacune.

Parce que Rt change profondément lorsque les comportements s’adaptent à la réalité de la maladie, on peut parfaitement avoir un R0 élevé – et donc une maladie très contagieuse – sans pour autant avoir une épidémie.

La bonne question

Mais c’est une remarque à deux facettes : si on arrive à faire descendre la contagion épidémique à un Rt en dessous de 1,0 en opérant des changements sociétaux (volontaires ou coercitifs), il en ressort que cette épidémie n’est « finie » que parce que ces changements sont là. S’ils viennent à disparaître, c’est R0 qui redevient important !

La bonne question n’est pas de savoir si l’épidémie est « finie ». C’est une question mal posée.

Nous serions plutôt intéressés de savoir si nous avons atteint un point où la maladie ne se propagerait plus si on abandonnait certaines ou toutes les mesures en place.

Sérologie

Pour répondre à cette question, il faut « simplement » savoir si (1-1/R0)% de la population a été infectée et s’en est remise. Ou plus précisément, si une part suffisamment importante de la population n’est pas ou plus susceptible : après tout, certaines personnes sont peut-être immunes à SARS-CoV-2.

Pour ce faire, il est possible de mesurer les anticorps encore présents dans le sang des patients qui sont guéris de la maladie.

Ces anticorps sont des protéines synthétisées par les lymphocytes B qui apparaissent sous plusieurs formes distinctes, les immunoglobulines A (IgA) trouvées dans les muqueuses comme celles des voies respiratoires, les immunoglobulines M (IgM) puis les immunoglobulines G (IgG) qui correspondent à une réponse plus tardive mais très spécifique du système immunitaire.

Il est à noter que ces tests existent maintenant en grand nombre et que leur qualité s’est drastiquement améliorée. Aux premiers tests, qui donnaient de nombreux faux positifs et faux négatifs, se sont peu à peu substitués des tests fiables à 99,8 %. Les tests sont maintenant très bien documentés et compris.

De toute façon, à des fins d’études épidémiologiques, comme l’explique cet article de Nature, les tests n’ont pas besoin d’être aussi précis que pour les besoins médicaux. Si leur taux d’erreur, même élevé, est connu avec précision, c’est parfaitement suffisant à des fins statistiques.

Résultats sérologiques

À Wuhan, une étude de Nature a mesuré les niveaux d’immunoglobulines M et G chez 17 368 patients dans la période du 9 mars au 10 avril 2020. La séropositivité variait de seulement 3,2 % à 3,8 % selon les cohortes de l’étude ! Sans surprise, la séropositivité décroissait progressivement dans les autres villes à mesure que l’on s’éloignait de Wuhan.

Les patients de Wuhan qui ont visité les hôpitaux pour faire des dialyses ainsi que le personnel hospitalier avaient une séroprévalence de 3,3 % (avec un IC à 95 % de 2,5 à 4,3 %) et de 3,8 % (avec un IC de 2,6 à 5,4 %), respectivement.

Ces chiffres sont tellement bas que nous pourrions croire à une erreur des tests : pourtant, les chercheurs avaient validé leur test sérologique en interne avec des échantillons de sérum prélevés sur 447 patients et avaient démontré une spécificité (empirique) de 99,3 % (444 sur 447) et 100 % (447 sur 447) pour les anticorps IgG et IgM, respectivement.

En Occident, les chiffres sont pareillement bas, sauf exceptions géographiques.

À ce jour, environ 4 % à 8 % des populations des États-Unis et d’Europe ont été infectés par le SARS-CoV-2 :

  • Selon une étude du Lancet centrée autour du 3 mai 2020, comprenant un très large échantillon de 61 075 participants, la séroprévalence était de 5,0 % (avec un IC de 95 % allant de 4,7 à 5,4 %) par test rapide et 4,6 % (allant de 4,3 à 5,0 %) par prise de sang, sans différence selon le sexe mais avec une séroprévalence plus faible chez les enfants de moins de 10 ans (inférieure à 3,1 % par le test rapide). Il y avait une variabilité géographique substantielle, avec une prévalence plus élevée, de 10,0 à 13,6 %, autour de Madrid.
  • En France, selon une étude de l’Institut Pasteur publiée dans Science, au 11 mai, seulement 2,9 millions de personnes avaient été infectées, soit 4,4 % de la population. Ceci est confirmé par une autre étude qui utilise une micro-simulation – et donc une méthode radicalement différente de l’Institut Pasteur et des modèles SIR/SEIR – pour conclure qu’à la même date, 10,9 % de la population française avait été touchée. Ces valeurs sont très insuffisantes pour avoir une immunité collective.
  • Dans l’État du Rio Grande do Sul au Brésil, la séroprévalence était de 0,048 % (avec un IC à 95 % de 0,006 à 0,174 %) entre le 11 et le 13 avril. Ce pourcentage monte à 0,135 % (avec un IC à 95 % allant de 0,049 à 0,293 %) entre les 25 et 27 avril. Finalement, il aurait atteint 0,222% (avec un IC à 95% allant de 0,107 à 0,408%) les 9, 10 et 11 mai. Autant dire que le Brésil, pourtant durement touché, n’en est qu’au tout début dans certaines régions.
  • En Suède, pays qui a délibérément décidé de jouer la carte de l’immunité de groupe, les autorités suédoises de santé publique ont publié une estimation préliminaire, basée sur des tests d’anticorps fin avril, selon laquelle 7,3 % des habitants de Stockholm avaient été infectés par la maladie, avec un taux national global d’environ 5,0 %.

Il existe des exceptions à ces faibles chiffres dans les zones très touchées :

  • À Santa Clara, des chercheurs de l’Université de Stanford ont calculé que la sérologie était de 2,8 % (avec un IC à 95 % de 1,3 à 4,7 %) après pondération des données démographiques de la population du comté. Ces estimations ponctuelles de prévalence impliquaient que 54000 personnes (avec un IC de 95 % de 25 000 à 91 000 individus) avaient été infectées dans le comté de Santa Clara au début du mois d’avril, soit 50 fois plus que les 1000 cas officiels d’alors. Il est à noter que ces données ont été vivement critiquées à cause de la méthode d’échantillonnage reposant sur des volontaires trouvés sur Facebook, qui tend à une forte inflation des cas.
  • À Miami-Dade, en Floride, une étude du gouvernement a suggéré que 6,2 % des résidents locaux avaient été infectés par le virus à la date du 24 avril. Cette constatation implique environ 165 000 infections, soit plus de 16 fois le décompte officiel des cas confirmés.
  • Sur la base d’un échantillon (plus ou moins ?) représentatif de 863 adultes testés au début du mois d’avril, des chercheurs de l’Université de Californie du Sud (USC), travaillant en collaboration avec le service de santé publique de l’État de Californie, ont estimé qu’« environ 4,1 % de la population adulte [avec un IC à 95 % allant de 2,8 % à 5,6 %] du comté de Los Angeles [avait] des anticorps contre le virus » ce qui représentait 28 à 55 fois plus que le décompte des cas confirmés au moment de l’étude.
  • Jusqu’à 9,9 % des habitants de l’Ile-de-France (avec un IC à 95 % de 6,6 % à 15,7 %) auraient été contaminés à la date du 11 mai. Dans l’Est de la France, ce chiffre tombe à 9,1 % (avec un IC à 95 % de 6,0 à 14,6 %) selon l’étude de l’Institut Pasteur citée plus haut.
  • Une prépublication d’une étude italienne publiée le 11 mai tente de déterminer le pourcentage de personnes dans la région métropolitaine de Milan qui étaient déjà infectées par le virus au début de l’épidémie. Les chercheurs ont noté une augmentation progressive, atteignant finalement environ 7,1 % (avec un IC de 95 % allant de 4,4 à 10,8 %) de la population de la Lombardie.
  • Trois mille clients des supermarchés de l’État de New York ont été testés au hasard vers le 20 avril. Près de 13,9 % d’entre eux ont été déclarés positifs. À New York City, 21 % des tests sont revenus positifs.
  • Au célèbre hôpital de Boston, Mass General, une petite étude de 200 échantillons de sang du quartier de Chelsea a montré que près de 32 % étaient séropositifs vers le 10 avril. Ces échantillons n’avaient pas été sélectionnés au hasard mais chez des personnes pensant être malades.

Pour résumer, voici les courbes de séroprévalence issues du modèle principal de l’Institute for Health Metrics and Evaluation (IHME) (de l’Université de Washington) aux quelles j’ai ajouté les mesures (ponctuelles) des études suscitées :

Covid-19

Nous ne testons toujours pas !

Tous ces chiffres de prévalence indiquent que nous ne détectons qu’une petite partie des infections : selon une étude de l’université de Göttingen, seulement 6 % des infections ont été détectées dans le monde.

Notablement, les pays les moins touchés sont ceux qui ont le mieux détecté les malades comme la Corée du Sud (avec un taux de détection de 49 % au 17 mars), le Japon (25 %) ou l’Allemagne (16 %). Les cancres du Covid-19 en termes de mortalité sont aussi ceux qui n’ont pas su organiser les tests comme la Belgique (2 %) ou la France (2 %).

Si ces chiffres ont l’air abstraits, traduisons-les : sur 50 malades français ou belges, 49 se promenaient tranquillement en public, sans masque évidemment…

Le résultat est connu : la Corée du Sud, le Japon et l’Allemagne déplorent 6 morts, 8 morts, et 109 morts par million d’habitants, respectivement. Les Français et les Belges, 462 et 845 morts par million d’habitants malgré des mesures de confinement qui poussaient à l’absurde.

Je brûle de demander aux « responsables » de ces deux derniers pays comment ils expliquent des taux de décès 81 et 148 fois supérieurs, respectivement, à ceux de la Corée du Sud.

En attendant, selon un rapport récent, au vu des données disponibles, les chercheurs de l’Université de Harvard sont désormais convaincus que l’on peut retrouver un semblant de normalité, respecter les fondements « d’une société libre », « protéger la vie humaine, sécuriser nos institutions et empêcher la destruction de notre économie », si on se donne les moyens de tester massivement. Y-aura-t-il quelqu’un pour poser une traduction de ce plan sur le bureau de l’auguste patron de la « starteupe nèchiheunne » ?

Taux de décès réel

Tous ces tests de sérologie donnent une idée beaucoup plus précise du nombre de malades et, en conséquence, du taux de léthalité de la maladie.

Selon un papier de Nature, ce dernier serait d’environ 0,66 % pour la Chine, 0,70 % pour la France, et 1,00 % pour l’Espagne et le Brésil. Malgré un déclin considérable de cette estimation, ceci signifierait que « COVID-19 est en moyenne 50 à 100 fois plus meurtrier que la grippe saisonnière » comme le rappelle National Geographic dans un article récent sur la question.

Ces chiffres sont à prendre avec précaution car tout dépend encore du « vrai » taux de sérologie et du comptage des décès qui est souvent sous-estimé de 20 à 50 %.

Si on se réfère à l’étude citée plus haut, le taux de décès serait de 1,3 % et de 1,2 % pour, respectivement, la ville et l’État de New York.

Implications inquiétantes ?

Tous les grands pays d’Europe et d’Amérique du nord seraient donc à environ 4 % à 8 % de séroprévalence dans leurs populations, sauf l’Allemagne à 1,0 %. Le Japon serait quant à lui à 0,1%.

Si le R0 était vraiment de 3,0 alors ce résultat signifierait que nous n’en sommes qu’à moins d’un dixième de la durée de la pandémie (en l’absence de vaccin).

Y-a-t-il des raisons d’en douter ?

Je ne pense pas qu’on puisse rejeter les estimations statistiques du R0 ou de la sérologie :

  • Pour le R0, il y a beaucoup trop de méthodes, de données, de publications pour que l’on se trompe massivement sur une question qui repose sur des mathématiques universelles et des fondamentaux de l’épidémiologie qui fonctionnent fort bien pour toutes les autres infections.
  • Pour la sérologie, les résultats – d’origine biologique – sont parfaitement alignés avec les données prédites par les modèles comme celui de l’IHME et sont cohérentes d’un pays à l’autre et au sein d’un même pays avec les données de mortalité.

Il faut donc chercher ailleurs les raisons qui pourraient invalider complètement ou partiellement l’implication d’un R0 de 3,0 et d’une séroprévalence de moins de 8 %.

Immunité naturelle préexistante ?

Tout d’abord, il convient de réexaminer la question du seuil d’immunité de groupe car elle est atteinte lorsque (1-1/R0)% de la population n’est plus susceptible, soit 67 % si R0 égale 3,0.

Et si une bonne partie de la population n’était de toute façon pas susceptible ?

C’est une idée séduisante pour trois raisons.

  • Tout d’abord, l’hypothèse a été émise que certaines populations qui ont été vaccinées pour d’autres maladies sont plus résistantes à SARS-CoV-2 et développent donc moins de cas de Covid-19.
  • Ensuite, le SARS-CoV-2 n’est pas le premier coronavirus humain. En fait, quand on dit qu’on a « attrapé froid », on a développé soit un rhinovirus (30 à 80 % des cas), soit un adénovirus (5 % des cas), soit un coronavirus humain, principalement 229E et OC43 (dans 15 % des cas). En moyenne, un humain adulte a rencontré ces deux derniers plusieurs fois dans la vie de son système immunitaire. Nous pourrions donc avoir une certaine immunité naturelle à SARS-CoV-2 parce que nous en avons développé une pour 229E et OC43.
  • Enfin, le système immunitaire a l’habitude des pathogènes inconnus.

Dès lors, la question est de savoir si on peut clore l’écart entre les 67 % dont nous aurions besoin et les 8 % (au mieux) que nous constatons :

  • L’hypothèse de vaccination n’est pas improbable parce que certains vaccins comme le bacille Calmette-Guérin (BCG) contre la tuberculose confèrent une large protection contre d’autres maladies infectieuses (voir ici et ). Cependant, cet effet, s’il existe, n’est probablement pas suffisant du tout pour faire descendre suffisamment la population susceptible : nous cherchons un effet important et les premières études ne trouvent pas d’effet du tout (voir ici et ) ou un effet non-significatif (ici). Ceci ne signifie pas que quelqu’un ne découvrira pas un lien entre un vaccin et une moindre infection par SARS-CoV-2 mais les faits, s’ils existent, ne sont pas encore prouvés.
  • Un récent article de Nature montre que les personnes atteintes du SRAS de 2003 ont des cellules immunitaires qui, 17 ans plus tard, peuvent reconnaître le SARS-CoV-2. Même si ça ne concerne pas les virus 229E et OC43, ceci montre un mécanisme par lequel un certain pourcentage de la population pourrait déjà être immunisé. Ceci documente aussi une possible durée de l’immunité une fois qu’on a eu SARS-CoV-2 et suggère qu’elle pourrait durer très longtemps.
  • L’idée d’une certaine immunité naturelle à SARS-CoV-2 est plus prometteuse parce que plusieurs études ont montré que le plasma sanguin de donneurs qui n’avaient jamais été exposés au virus avait une réponse immunitaire (voir les nombreuses références ici). Là, la proportion est conséquente car elle va de 1 sur 10 jusqu’à 1 sur 2. Il faut faire attention car ces résultats sont in vitro ! L’effet sur l’immunité de groupe est incertain et complexe à déterminer mais probablement non nul (ici et ).

Si ces deux dernières hypothèses sont vraies, les études sérologiques, qui reposent toutes sur IgM et IgG sous-estiment la séroprévalence réelle.

Sous-évaluation sérologique

Des scientifiques ont découvert que certains patients qui avaient présenté des symptômes bénins de Covid-19 ne semblaient pas avoir développé d’anticorps IgM et IgG. Cependant, ils ont montré « une forte immunité spécifique aux lymphocytes T », selon d’un rapport dans Science Immunology.

« Si, comme cela semble être le cas, la mesure de l’immunité aux lymphocytes T est un marqueur plus durable et fiable de l’immunité adaptative pour COVID-19 que les anticorps [i.e. IgM et IgG], il sera utile de réaliser le déploiement de kits commerciaux de test des lymphocytes T » ont déclaré les auteurs Rosemary Boyton et Daniel Altmann, professeurs d’immunologie à l’Imperial College de Londres à The Independent.

En d’autres termes, si nous mesurons les anticorps IgM et IgG mais que certains patients ont guéri du Covid-19 sans les produire, nos estimations de séroprévalence sont sous-estimées.

De combien ?

Environ de 20 à 50 % selon les études (ici, ici et ). Ceci rend encore plus difficile le calcul de l’immunité de groupe sans toutefois changer la donne. Si on part de 4 à 8 %, l’ajustement éventuel ne suffit pas à atteindre plus de 8 à 16 % de séroprévalence dans la population générale, au mieux.

Les limites à l’erreur

Pour que l’épidémie touche à sa fin – si un R0 de 3,0 est réaliste – il faudrait que 59 à 63 % des individus ne soient pas naturellement immunes.

Ce n’est simplement pas compatible avec les données que nous possédons sur les bateaux de croisières, les navires de guerre, les prisons et les maisons de retraite :

  • Dans ces dernières, jusqu’à 100 % des patients sont touchés par la maladie à cause de l’immunosénescence.
  • Sur le Diamond Princess, malgré la quarantaine draconienne dans les cabines, 712 personnes sur les 3711 à bord sont tombées malades, soit 19 %. Les cas réels sont probablement beaucoup plus élevés car nous savons maintenant que les tests sérologiques montrent bien plus de cas que les tests PCR réalisés alors.
  • Sur le porte-avions Charles de Gaulle, au moins 1046 des 1760 personnes à bord, soit 59 %, sont tombées malades malgré les mesures sanitaires. Contrairement aux maisons de retraites et au Diamond Princess, c’est une population jeune, en bonne condition physique, qui ne souffre pas d’immunosénescence.
  • Pareillement, le Covid-19 fait rage dans les prisons américaines, et les chiffres font état de taux d’infections importants. Par exemple, selon le décompte officiel du Bureau fédéral des prisons, sur les 1798 détenus de Seagoville, au moins 1072 ont contracté le virus, soit 59 % d’une population jeune (mais masculine).

Enfin, le personnel médical qui est confronté régulièrement aux coronavirus humains 229E et OC43 ne semble pas être bien immunisé contre SARS-CoV-2 si on se réfère aux nombreuses infections mortelles dont il a été victime : ceci est tellement vrai que Matt Ridley faisait remarquer que pendant le confinement, le Covid-19 était essentiellement devenu une maladie nosocomiale.

Une étude dans l’est de l’Angleterre a montré que le personnel hospitalier d’oncologie d’un grand hôpital avait été massivement touché : bien que tous les participants aient été négatifs pour la PCR sur écouvillon nasopharyngé (au moment de l’étude), 21,4 % avaient des anticorps positifs pour le SRAS-CoV-2 en utilisant le test Luminex.

La loi du tiers exclu

En résumé, pour le moment, en l’état de la recherche, l’hypothèse d’une immunité naturelle préexistante ne permet pas de clore l’écart entre les 67 % de séroprévalence dont nous aurions besoin et les 8 % (au mieux) que nous observons.

Quiconque prétend que la crise est terminée sans apporter soit des preuves d’une réévaluation du R0 (substantiellement à la baisse), soit de la prévalence de la sérologie (substantiellement à la hausse), soit d’une forte immunité naturelle d’une fraction importante de la population, fait une profonde erreur d’appréciation.

La vie en société

À moins que nous ne puissions prouver que plus de personnes sont immunisées que nous ne le pensons (possible et partiellement probable) ou que nos estimations R0 sont fausses (également possible mais beaucoup moins probable), nous sommes toujours en pleine crise.

Potentiellement, ceci voudrait dire que le nouveau coronavirus pourrait continuer de se propager pendant au moins 18 mois à deux ans de plus et que « cette chose ne s’arrêtera pas tant qu’elle n’infectera pas 60 à 70% des gens » comme l’a déclaré Mike Osterholm, directeur du Center for Infectious Disease Research and Policy (CIDRAP) de l’Université du Minnesota.

Ceci ne veut pas du tout dire que les deux prochaines années seront aussi mauvaises que les quatre derniers mois car il semble qu’il soit possible de limiter les dégâts humains et économiques comme le prouvent les Coréens, les Allemands et les Japonais.

En revanche, des mesures prophylactiques exceptionnelles vont être avec nous pendant un certain temps (comme les masques, une certaine distance physique, les gants, le lavage rigoureux, etc.).

Les grands rassemblements en salle, les voyages internationaux, les transports en commun ne vont pas retrouver de suite leur niveau d’activité de 2019. En fait, toutes les activités à l’intérieur seront affectées car il est de plus en plus évident que le SARS-CoV-2 se transmet surtout dans des endroits clos (ici et ).

Dans le court terme, nous reviendrions à du semi-normal. Les écoles rouvriront mais pas les salles de sport, les restaurants serviront un nombre limité de couverts, les avions seront à un tiers vide, etc. 

Ceci a un impact sur la croissance économique et par là même sur les marchés financiers, tout suspendus au ciel qu’ils sont en ce moment…

Même s’il advient que l’épidémie est vraiment finie, nous allons toujours vers des temps économiques extrêmement difficiles. Quand les compagnies aériennes, le tourisme, ou même l’éducation (dans certains pays) vont être obligés de se séparer d’une grande partie de leur personnel dans les mois qui viennent, un grand nombre de gens vont avoir du mal à payer leurs loyers et à honorer leur prêts.

Une crise économique violente aura les conséquences habituelles de chômage et d’extorsion fiscale pour tous.

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  • Vos articles se focalisent sur la transmission du virus – pas sur la maladie et ses degrés de gravité, qui à l’évidence sont évolutifs. Or c’est la maladie qui pose problème.
    Par ailleurs, puisque le virus est dangereux essentiellement pour les personnes âgées atteintes de comorbidités, et que ce type de population est plus ou moins nombreux selon les pays, certaines comparaisons me semblent peu pertinentes.
    Tout ceci me rappelle un passage au début de « Jurassic Park » (le livre: ça a été coupé dans le film), où on explique le projet à un mathématicien: faire un parc à thèmes avec des dinosaures reconstitués grâce à de l’ADN fossilisé. Il écoute… et il dit tout de suite: « ça ne va pas se passer comme vous le pensez ». On lui demande pourquoi il peut affirmer ça sans connaître les détails. Il répond : « Votre projet est trop complexe, avec trop de paramètres que vous ne maîtrisez pas. L’un d’entre eux va inévitablement partir dans une direction imprévue, et faire dérailler tout le système ».
    En l’espèce, vouloir faire de la prévision sur le Covid me semble soulever le même problème.
    Si j’étais dirigeant, je ne m’encombrerais pas de ce genre d’usine à gaz: je partirais du principe que l’évolution du virus n’est pas prévisible et j’essaierais de me concentrer sur quelques indicateurs et quelques principes simples, quitte à les changer en cours de route.

    • Eh bien moi, si j’étais dirigeant, je nommerais l’auteur mon haut conseiller scientifique (et économique, d’ailleurs). Etre dirigeant n’est pas s’interroger sur ce qui se passerait si…, sur ce qui pourrait dévier et ne pas se passer comme prévu, c’est d’abord et avant tout analyser clairement la situation présente et les mécanismes qui la sous-tendent. Alors les choix que fait le dirigeant ne seront pas forcément immunes aux « météores », accidents rares et dévastateurs, mais ce seront les moins mauvais dans l’éventail qui s’offre à lui. Ce qui ne m’empêche pas d’être globalement d’accord avec votre dernière phrase.

    • Si j’étais dirigeant, je laisserais d’abord les médecins soigner. Les grippes, ils ont l’habitude.
      Les 25000 morts de trop, c’est au gouvernement qu’on les doit (cf le livre du Pr Perronne)
      https://www.revuepolitique.fr/covid-19-une-defaite-francaise/
      Et s’il n’en reste que 5000 inévitables, qui peut prétendre qu’il s’agit d’une catastrophe sanitaire?

      • Il s’agit sans ambiguïté d’une catastrophe sanitaire évitée de justesse. Penser que notre système médical n’aurait pas sauté si on avait affirmé que l’affaire n’avait rien de différent de ce dont on avait l’habitude serait irresponsable et insultant envers les soignants. Il fallait réagir, ou mieux encore avoir laissé se développer un système médical robuste. L’Etat a mal réagi, et préempté à tort la manière de le faire. Mais ramener la chose à une grippe ne serait pas une bien meilleure réaction.

      • merci pour ce rapport.
        La catastrophe n’a pas été évitée, elle a été créée par l’Etat. Il y a des condamnations en justice qui se perdent…

  • Une suite remarquable au premier article. C’est ce type d’articles qui fait aimer contrepoints, fouillé, argumenté, solide. Je confirme que les redémarrages épidemiques de partout maintenant que les gens baissent la garde montrent bien les fragilité de la situation. Certes le R n’est pas aussi élevé que le R0, ce qui est normal, mais on bondit vite d’un facteur deux. La Suisse par exemple avec redémarrage des personnes en soins intensifs… La Hollande…

  • Si les mathématiques permettaient de prévoir l’avenir nous serions tous riches.
    C’est très intéressant mais c’est à cause de gens comme vous que l’on est confiné… Pour l’éternité puisque le problème d’une maladie est essentiellement le soin pas d’ essayer d’y échapper. fuir l’ennemi est bien de notre époque!.
    Je suis de mauvais poil aujourd’hui !

    • Si les mathématiques ne permettaient pas d’éviter et de pallier de nombreux risques, nous serions tous morts !

      • Les mathématiques ne sont qu’un outil, un marteau est aussi un outil mais entre de mauvaises mains il est dangereux.. J’explose une porte ouverte dans l’esprit de chacun, j’espère, et si macron passe par la, qu’il vire son conseil scientifique, ses experts et autres charlatans à l’aube de la sénilité donc égoïste au maximum, le bien commun ne les intéressent pas.

        • Sans marteau, sans ciseaux, sans pioche, on ne fait pas grand chose et pas mal de bêtises. On peut apprendre à s’en servir, c’est à ça que devrait servir l’ENA, d’ailleurs, dans un monde un peu meilleur où elle n’aurait malgré tout pas été supprimée…

          • Les mathématiques ne sont pas une garantie de démarche rigoureuse et scientifique. C’est bien le problème des modèles utilisés par les politiciens – si ça va dans le sens de ce qu’ils ont préalablement décidé – et qui trompent les populations en donnant une caution pseudo scientifique aux politiciens.
            Dans cette affaire, tout est politique. Depuis le début. Et les décisions ont été prises très haut pour faire avancer un projet diabolique de dictature mondiale.

            • Votre fixation sur une théorie du complot dévalorise les arguments par ailleurs valables que vous avanciez au début.

              • Il faut cesser avec l’argument théorie du compot, qui laisse entendre qu’il y a une théorie mais pas de complot. On ne peut analyser librement la réalité si l’on est soumis à la peur de l’accusation de complotisme.
                J’affirme qu’il s’agit d’un complot mondial contre les peuples. Ou plutôt du dernier avatar du complot mondialiste. Encore que « complot » est un terme non satisfaisant, il faudrait plutôt dire « idéologie planificatrice ».
                Faute de s’en rendre compte, les peuples vont payer très cher leur aveuglement face à la lâcheté, voire la corruption, de leurs « élites ».

            • @La petite bête

              « Les mathématiques ne sont pas une garantie de démarche rigoureuse et scientifique ??? »
              Ne pas oublier tout de même quelques « petites réalités »:
              – le livre de la nature est écrit en langage mathématique (Dixit le grand Galilée !)
              -le monde physique est un objet mathématique,
              -l’existence physique n’est pas différente de l’existence mathématique.

              https://www.pourlascience.fr/sd/mathematiques/lunivers-est-il-mathematique-2176.php

    • Ce n’est pas les mathématiques le problème mais ceux qui les utilisent :

      – soit ils n’ont pas les données nécessaires et font des approximations qui n’ont rien de mathématique.
      – soit ils n’ont pas (ou ne connaissent pas) l’outil mathématique nécessaire – auquel cas il faut demander à un mathématicien de le créer ou trouver une autre approche qui fonctionne avec ce que l’on a (en réduisant ses ambitions sur la « modélisation »).

      • ce ne sont JAMAIS les math qui posent problème.. pourquoi donc la logique poserait elle problème???

        c’est essentiellement les mensonges par omission sur la nature hypothétiques des conclusions présentées comme un résultat mathématique..
        si ceci es vrai, si nous supposons que cela se comporte comme ceci ..et à condition que.. alors voici la logique mathématique nous permet de dire..

        plus encore que signifie donc » si, si si et si voici un nombre maximum de morts possible du covid… » sinon que nous vivons maintenant dans une société où on prétend vouloir toujours anticiper le pire possible..
        et plus encore..où des gens décident que LE truc c’est le nombre de morts du covid. et pas le nombre de morts plus les incalculables conséquences… le fameux « à tout prix »..

        • Les maths peuvent résoudre les problèmes en 2 ou 3 dimensions mais lorsque la quatrième dimension, l’homme, intervient dans l’equation, c’est foutu, on n’a pas encore modélisé l’homme, Meme en psychiatrie c’est un challenge in atteignable aujourd’hui.. Avec un ordinateur quantique, peut être un jour mais ce jour là le monde des fourmis paraîtra un paradis

          • euh…donc, si les math savent pas faire…ce n’est pas les math..

            • Obscure, en tous cas, un super matheux, genre villani, dans le monde des hommes…il n’est pas près d’arrêter la faim dans le monde

              • Quelle faim dans le monde ? Avant de faire appel aux maths, il faut correctement poser les problèmes, ce que ne font ni Villani, ni ceux qui prétendent que la faim dans le monde en serait un.

                • Il faut laisser Villani tranquille. Il s’est fourvoyé en faisant de la politique. Ses travaux sur l’équation de Fokker-Planck sont bien plus utiles.

  • pourquoi ne pas regarder la suède à la loupe????

    au passage le taux de létalité de la maladie varie avec l’âge et des facteurs de comorbidité..que l’on ne sait que penser de différence entre deux pays différents.

    • La Suède, c’est 10 millions d’habitants sur un pays presque aussi grand que la France, et concentrés à 84% sur 1.3% du territoire. Un « outlier » en termes de contacts entre les personnes, donc les enseignements en seraient bien peu généralisables.

      • C’est fort possible, mais à ce compte, tous les pays présentent des disparités démographiques, géographiques, climatiques, etc. qui rendent les comparaisons hasardeuses.

      • ouaip..mais en terme de dynamique naturelle de l’épidémie..pas si idiot que cela.. surtout en ce qui concerne la possibilité d’une reprise épidémique après relâchement des comportements! (en fait je regarderais sans doute stokholm..)

        d’ailleurs que pensez vous de l’évolution de l’épidémie en suède??? moi ça me suggère ..

        et sinon quoi.. ???

        durant cette épidémie on a toujours été en manque de données et de faits.. en vérité on a eu un affrontement des pessimistes et des optimistes…les données permettant les deux points de vue… d’autant plus que la definition de la catastrophe était et reste subjective.. avec d’ailleurs un truc bizarre, peu importe en réalité combien le virus va tuer, la façon dont il tue est au moins aussi importante.. au point qu’on se demande si dans tous les virus anonymes pour le béotien comme moi qui « aident  » à la mortalité saisonnière attribuée à la grippe on a pas un equivalent du covid qui aurait tué naguère comme le covid …

        le point essentiel a souvent été éludé:

        dans quelle mesure un gouvernement a t il le droit de vous interdire de sortir de chez vous, les gens voulant ramener le débat sur est il raisonnable de sortir de chez soi.. comme si on DEVAIT partager la meme idée de ce qui est raisonnable..

        que ce débat n’ait pas lieu fait peur..

        • L’évolution de l’épidémie en Suède me suggère surtout que quand le gouvernement ne sait pas, il ne vaut pas vraiment plus mal qu’il ne fasse rien, surtout si les citoyens sont habitués à adopter des comportements responsables. Le bilan suédois n’est pas si flatteur que ça en termes de morts directes, mais en termes de qualité de vie, il n’y a pas photo ! Un peu comme si on avait en France renoncé aux 80 km/h… Mais les Suédois (sauf quelques jeunes filles à nattes) sont plus habitués que les Français à se montrer responsables.

          • Ne pas être trop sévère avec les jeunes filles à nattes : comme les belles fleurs sauvages de la prairie, elles font un bien fou à beaucoup.

            Quant au bilan suédois en terme de mortalité, il a probablement à voir avec le rejet irresponsable de l’HCQ, une des rares interventions nocives de ce gouvernement.

          • Le bilan en nombre de morts directes est une chose, celui en nombre total de victimes, comprenant celles de le crise économique qui pend au nez de beaucoup de pays soi-disant plus responsables que la Suède, en est une autre – je pense que vous en êtes conscient.

          • Pour la Suède et les idées que l’on s’en fait…
            la mortalité par millions d’habitant est actuellement de 564. Sa courbe de mort est après son pic.
            La mortalité en France par millions d’habitant est de 462. Actuellement le nombre de mort est « négligeable ». La courbe de décès fait penser que nous avons passé la crise.
            Sur le comportement des suédois pendant Juin/juillet : aucun masque (vous n’en trouvez pas en Suède), aucune protection et distanciation respectées. Aucun changement dans leur mode de vie (témoignage oculaire direct). La majorité des morts semblent se passer dans les maisons de retraite où la gestion ne semble pas idéale (aveu de l’équivalent du ministre de la santé suédois dans l’économiste d’il y a plusieurs semaines)

          • je vous parle en dynamique d’épidémie pas en bilan provisoire..en clair ..ce que peut nous apprendre la suède..

    • Avez-vous des arguments sérieux pour étayer vos propos ?

  • « des taux de décès 81 et 148 fois supérieurs »

    « Y-aura-t-il quelqu’un pour poser une traduction de ce plan sur le bureau de l’auguste patron … »

    Ben c’est pas compliqué : « Votre altesse, il y a 30000 morts mais vous n’êtes responsable que de 24000 ».

    • ou sire vous en avez sauvé 65 000 000 si les choses eussent été pires.

    • Ce qui me fascine est la capacité de certaines personnes, journalistes, « experts » et politiciens notamment, mais pas seulement, à prendre comme référence des pays ayant fait encore plus mal que nous (Italie, Espagne, RU…) en « oubliant » les pays ayant fait infiniment mieux : c’est comme si le maître de la classe prenait les cancres comme référence, au lieu de prendre les meilleurs.

  • En tous cas, le mot est lâché : il est fort vraisemblable que l’on n’en voit pas la fin avant 2 ans, c’est à dire que même si l’aspect sanitaire prend (nécessairement) une autre forme, l’aspect économique va durer.

    Macron ne connaîtra pas le « monde d’après » ou la « reconstruction » durant son présent mandat …

    • « fort vraisemblable »… si vous voulez.. mais la fin de quoi parlez vous??

      • La fin de la distanciation qui empêche l’économie de fonctionner normalement et a amorti le rebond + la fin des « soubresauts » économiques ou des ondes de choc imputables au traitement brutal de la crise + la fin de l’effet de (sur) amortissement prolongé socialo-socialiste de la crise.

    • Le but était économique, politique et social. Le sanitaire n’était qu’un prétexte.

      • D’ailleurs les sanitaires ont été planqués sous le tapis dans les nouveaux accords sur « comment masquer la misère économique ».

  • C’est de la modelisation …
    en vrai depuis mi mai mélange de population + recul des gestes barrières et ?
    diminution du nombre de personnes hospitalisées et en rea de façon continue
    plus rigolo combien de mort en mayenne zone rouge ?
    0 !!!
    donc arretons de nous faire peur, suivons les indicateurs de façon à ne pas faire exploser le système hospitalier mais pour le moment il n’ y a plus d’épidemie par contre combine de mort seront dus à la non remise en route de l’économie? plus que par le COVID? sans compter les morts du à l’absence de consultations ou soins pendant le confinement et les pb psychologiques générés par la peur

    • quoi??? ce que vous dites est quasi criminel car en france le pessimisme et la peur sont devenus obligatoires!

    • Recul des gestes barrière ? Au JT, peut-être, mais quels qu’en soient les défauts, les contacts entre les gens me paraissent, dans ma vie à moi, fondamentalement différents de ce qu’ils étaient en février ou pendant le confinement. Quant aux « indicateurs » calculés par le ministère et mis en avant par les médias, ce sont les morceaux de sucre et les bâtons avec lesquels on nous transforme en caniches. Le problème est de les remplacer non pas par l’insouciance, mais par des attitudes raisonnées efficaces pour diminuer les risques épidémiques. Et là, même le ministère ne donne plus les nombres de nouvelles hospitalisations et se complaît dans les ressuscitations dans les Ehpads, alors il est bien difficile de s’informer efficacement.

      • Des sites comme celui-ci vous donnent le nombre d’hospitalisations au jour le jour : https://www.gouvernement.fr/info-coronavirus/carte-et-donnees

        En suivant au jour le jour un site comme worldometers, on peut aussi voir l’évolution des cas critiques et sévères ; en France par exemple, on est passé de 503 à 445 entre le 8 et le 22/07.

        • Merci pour le lien ! Ceux que j’utilisais, dont worldmeters, sont moins précis. C’est surtout le communiqué de presse qui m’est resté en travers de la gorge, avec l’arrêt de l’indication relative aux nouvelles admissions et le « Santé Publique France nous signale un retraitement des données relatives aux décès en établissements sociaux et médico-sociaux aboutissant à une diminution du nombre de décès. » d’avant-hier.

  • « Quiconque prétend que la crise est terminée sans apporter soit des preuves d’une réévaluation du R0 (substantiellement à la baisse), soit de la prévalence de la sérologie (substantiellement à la hausse), soit d’une forte immunité naturelle d’une fraction importante de la population, fait une profonde erreur d’appréciation. »

    bizarre…
    quand une personne me dit la crise est terminée je lui demande d’abord à ce qu’il entend par « crise »…

    un assez joli canon mais pour tuer quoi au juste ?

    le sujet central étant bien la liberté individuelle..

    sinon en vérité n’étant pas scientifique j’aurais aimé avoir un article préliminaire où…les hypothèses de base qui servent à apprécier cette épidémie ont montré leur validité dans les épidémie virales passées.. pour parler grossièrement avons nous bien compris les épidémies passées ou bien les avons nous faites rentrer dans un cadre descriptif qui nous conviennent..juste car il faut bien avoir un outil..pour essayer de prédire les futures???

  • @Philippe Lacoude
    Désolé, mais j’ai pas compris grand chose à votre article et je crains ne pas être le seul. Pour les plus matheux peut-être…
    J’ai retenu de prof Raoult que les épidémies virales suivaient habituellement la forme d’une cloche, et qu’on savait pas la raison. (pareil pour la saisonnalité)

    • alors la forme d’un cloche…

      en fait non.. mais dans une population ou le virus est présent..

      en général au début ça monte car ‘épidémie s’étend puis ça descent nécessairement..
      donc…un peu cloche en effet..
      en fait quand raoult dit ça il est plus précis, il dit que les chercheur de singapour on donné une forme plus précise ..etc…

  • Série d’articles documentés et roboratifs. Merci notamment d’avoir pris le temps d’exposer la différence entre R0 et Re (Rt ou plus simplement R). Quelques remarques.

    Bien que séduisant, le R0 reste une théorie contestable. C’est une échelle compréhensible de la contagiosité, mais guère plus. Son utilisation pratique pour anticiper l’évolution d’une épidémie est nettement plus suspecte. Le R0 est très sensible. Les conséquences d’un R0 égal à 2 ou d’un R0 égal à 3 sont radicalement différentes. Alors, quand on hésite entre 1,5 et 8, aucune conclusion crédible ne peut surgir. L’emploi abusif de cette théorie a engendré des prévisions délirantes comme on a pu le voir durant l’épidémie, avec des conséquences politiques, économiques et sociales aussi dramatiques qu’elles étaient vaines, stupides, voire carrément contre-productives (confinement). A ce stade, la réalité est déjà cruelle : l’usage abusif de la théorie du R0 a certainement provoqué plus de mal que de bien.

    Les théories scientifiques sont comme les virus. Par nature éminemment discutables, elles doivent rester confinées dans des laboratoires de haute sécurité et ne pas s’en échapper au risque de contaminer gravement la décision politique.

    59% des marins du CDG n’étaient pas malades. Etre contaminé par le SARS-CoV-2 n’est pas être malade du CoViD-19. Peu de marins ont été effectivement malades (environ 15% ?). Quant au DP, il est hasardeux d’inférer une plus large contamination alors que les passagers rapatriés ont été suivis en quarantaine pour la plupart. S’ils avaient été contaminés en plus grand nombre, l’information serait connue.

    Les enfants présentent une sorte d’immunité sauf exceptions dramatiques. Ce sont déjà de l’ordre de 18% des individus d’une population qui sont immunisés (moyenne des pays développés), parfois plus (Israël, Brésil, Irlande), parfois moins (Allemagne, Japon, Taïwan) . Pour poser correctement les calculs épidémiques, les études sérieuses doivent se limiter à la population adulte d’un pays, ou mieux, pondérer les résultats en fonction de la structure spécifique de chaque pays, au moins distinguer les plus de 65 ans du reste de la population adulte. D’ailleurs, ce qui distingue les pays dans la gestion de l’épidémie, c’est le nombre de décédés de moins de 65 ans. Un faible nombre révèle une bonne gestion épidémique, l’inverse une incurie politique et sanitaire indéniable.

    Chez les adultes, certains ont pu être contaminés sans laisser de trace, d’autres peuvent avoir une sérologie positive sans avoir croisé le virus. Les données de contamination sont discutables, au moins autant que les données de mortalité. Il s’agit de savoir avec précision si les décédés sont morts contaminés ou malades du virus. Certains pays ont minoré le décompte (Chine), d’autres l’ont exagéré (Belgique). D’autres pays présentent des erreurs locales dans un sens ou dans l’autre en fonction de considérations politiques inavouées (USA avec les données frelatées du CDC).

    L’immunité naturelle des adultes peut être liée à des événements anciens dans la vie des individus, peut-être une contamination oubliée durant d’enfance. En dehors de la sénescence immunitaire, il paraît évident qu’une part importante de la population de 15 à 65 ans était naturellement immunisée préalablement à la contamination. C’est le seul moyen d’expliquer pourquoi l’immunité collective serait acquise avec un taux de contamination aussi faible (cf la Suède, encore, où le nombre de cas baisse de façon spectaculaire depuis le pic épidémique de mi-juin). Et si c’est bien le cas, alors l’épidémie touche déjà à sa fin. Cette hypothèse gagne en crédit alors qu’on observe peu ou pas de secondes vagues sur les cas de contamination, et pratiquement pas sur les décédés.

    Enfin, il importe de distinguer les annonces relevant effectivement de la science, de celles relevant de l’exploitation opportuniste politique ou commerciale de l’épidémie. Au vu des événements, la lecture critique scientifique n’est pas suffisante. Il convient de lui adjoindre une lecture critique politique, notamment la recherche des motivations. Avec l’Union européenne notamment, il n’y a plus le moindre doute.

    • je dois dire que en effet le R0…

      mais bon..au stade initial de la propagation d’un virus il n ‘est pas choquant d’essayer de donner une idée de ce à quoi on fait face..et une idée de la contagiosité pratique..

      une remarque vous remarques combien les gens sont encore flous…ils ne donnent pas grand chose de quantitatif..

  • http://www.cea.fr/presse/Pages/actualites-communiques/sante-sciences-du-vivant/etude-preclinique-hydroxychloroquine-covid-19.aspx…..Bon les amis…pour tous les zélateurs du savant de Marseille que l’on entend plus depuis qqs jours ..cela se comprend car le grand homme est dans les comités de lecture de toutes les grandes revues et Nature en fait partie…Il a donc lu comme vous que l’hydroxychloroquine ne sert à rien du tout…Je dois louer l’état d’esprit de ses confrères qui ne ce sont jamais fait insulter eux et qui sont toujours restés déontologiques…

    •  » In macaques, we tested different treatment strategies in comparison to placebo, before and after peak viral load, alone or in combination with azithromycin (AZTH). Neither HCQ nor HCQ+AZTH showed a significant effect on the viral load levels in any of the tested compartments. »
      Chez les macaques.

      • Bin oui et alors ..une bonne étude commence souvent chez l’animal et est toujours plus significative que des mesures in vitro ou observationnelle à la louche…Notons que celle là est mise en route en février …certains anticipaient…!!!

      • écoutez, de toutes façons, ce n’est pas le traitement raoult le problème, le problème est ,on le constate !!, c’est que quand on a pas choisi un protocole qui permet de tester de l’efficacité d’un traitement, les analyses retrospectives sont pénibles..

        la conséquence ,et je l’évoquais avant que ça se produise ,certain attaquent les médecins pour n’avoir pas utilisé le traitement raoult.. il ya une différence entre faire un choix qui peut s’avérer malheureux et commettre une faute inexcusable…

    • 14 études internationales, et faites par des institutions éminentes parfois, vont dans le sens contraire : https://www.youtube.com/watch?v=og7doP37AI8 et concluent pour certaines à une baisse de la mortalité allant jusqu’à 50% avec l’HCQ – sur l’homme, pas sur le singe.
      Les gens comme vous – et le gouvernement français – qui dénigrent l’HCQ à tour de bras, soit n’ont rien à proposer à la place, soit roulent pour des labos comme Gilead, soit envisagent une massive (et très lucrative) vaccination de la population, peut-être même obligatoire. Le bilan des gens comme vous est très mauvais (taux de mortalité parmi les plus élevés au monde, sans compter les dégâts sur l’économie) et vous voudriez encore qu’on vous écoute ?

      • J’ai la sensation de me répéter à l’infini : pourquoi ces études ne portent-elles jamais sur les aggravations ou non, mais toujours sur une mortalité qui ne caractérise en rien la différence entre les traitements ou leur absence ?

        • @MichelO

          Toute la question est d’analyser la dynamique de la pandémie et subséquemment de cibler les interventions , à partir des conditions de formation des clusters et de l’étude du développement des grappes.
          Grâce aux MATHÉMATIQUES, (n’en déplaise à certains), en se basant sur le fait que la plupart des gens même déclarés malades sans qu’ils s’en soient aperçus , ne transmettent pas la maladie , alors qu’un seul malade , à l’inverse peut contaminer à lui tout seul une cinquantaine de personnes, on peut en déduire un facteur appelé  » k  » , facteur de dispersion qui décrit dans quelle mesure une maladie se regroupe :
          Si k tend vers zéro , la transmission provient ipso facto d’un petit nombre de personnes.

          Comment ne pas penser à la formulation de Pasteur sur la propagation des épidémies : « le microbe n’est rien , le terrain est tout « ,si on veut comprendre et réduire la capacité de la maladie à se propager, eu égard au principe fondamental mis en lumière par le facteur k , selon lequel la transmission provient d’un petit nombre de personnes , l’immense majorité de cas positifs ne contaminant aucune personne ?

          Donc retenons également que les caractéristiques individuelles des patients jouent un rôle essentiel , dans la propagation , en tant qu’elles sont susceptibles d’excrétion de beaucoup plus de virus que d’autres .

          • Parfaitement, et merci d’avoir ramené la discussion aux éclaircissements remarquables donnés par l’article sur ce point.

            • En l’absence de recul suffisant, la mortalité est le seul élément permettant dans un premier temps d’avoir une idée de l’efficacité d’un traitement. Pour « bidouiller » une étude, la meilleur solution est de faire une étude portant sur la morbi-mortalité, quid de la part du médicament sur la mortalité.
              On peut avoir une idée de l’évolution de la covid-19 sur les scanners de contrôle où j’ai eu une disparition pour ma part des lésions pulmonaires pour des patients (qui ont été sous HCQ il est vrai, sans pouvoir avoir de comparaison sans traitement : ceux là sont décédés malheureusement et n’ont pas eu de scanner post mortem).

        • Que voulez-vous dire par « toujours sur une mortalité qui ne caractérise en rien la différence entre les traitements ou leur absence ? »
          La mortalité est importante, non ? Sauf erreur, quand on parle du bilan de l’épidémie, on parle d’abord en mortalité, non ?
          Et sauf erreur également, un certain nombre de ces études s’intéressent à d’autres aspects que la seule mortalité : taux et durée d’hospitalisation, liens entre impact du Covid et d’autres pathologies, etc. (et baisse de la charge virale, ce qui n’est pas neutre non plus)
          Pour moi il n’y a plus de doute : 1- pas de toxicité de l’HCQ si doses et timing respectés 2- effet positif de l’HCQ sur plusieurs paramètres dont le + important est la mortalité [même si cet effet serait à préciser, si possible, en fct de l’âge et autres facteurs, comme effet de synergie avec antibiotiques] 3- baisse de la charge virale 4- baisse du taux d’hospitalisations donc protection du système de santé

          • La mortalité est importante en soi, mais elle ne caractérise pas de manière robuste le traitement. D’une part, de nombreux autres facteurs que ce traitement jouent sur la mortalité, d’autre part le chiffre est très faible et donc difficile à estimer sans grande incertitude, enfin si ce sont les premiers jours qui sont cruciaux, ils sont séparés du décès par un intervalle de temps très long et très variable.
            Pour moi, les doutes subsistent et ne font que s’accroître du fait de l’absence de comparaisons avec d’autres traitements et même leur absence, comparaisons portant précisément sur les points mis en avant. HCQ marche sur les jeunes, sans facteurs de co-morbidité ni contre-indications. La charge virale baisse, les hospitalisations ne montent pas plus qu’en Bretagne, R et k on ne sait pas. Je suppose qu’en ne faisant rien ce serait pareil, et pour le moment, personne n’a fourni de statistiques réfutant cette supposition. Au bout de 6 mois, c’est anormal.

            • A ma modeste échelle, j’ai constaté sur 30 personnes, que lorsque je respectais le protocole surveillance + Doliprane les patients étaient tous hospitalisé. Lorsque je suis passé sous macrolides (puisque je n’avais pas le droit de prescrire dans ma structure de l’HQC) dés fièvre + toux/AEG, il n’y a plus eu d’hospitalisation.

              • Merci de votre témoignage. Et au moins, vous, vous vous référez à la proportion d’hospitalisations et non à la mortalité !

            • Bien sûr que si qu’il y a comparaison avec d’autres traitements dans ces études.
              Tout votre discours tend à conseiller, implicitement au moins, aux gens malades de ne rien faire, exactement comme le gouvernement.
              Et moi (et pas seulement moi !) je dis que nous avons aujourd’hui suffisamment d’éléments pour dire qu’à défaut d’autre traitement, le protocole Raoult a, dans la grande majorité des cas du moins, toutes chances d’améliorer la situation des malades ; à des degrés divers selon les gens sans doute, mais l’important est qu’il va dans le bon sens.
              Le Pr Parola, un des collaborateurs de Raoult, a donné quelques interviews (dispo sur TY ou le site de l’IHU) dont la dernière insiste sur l’effet positif du protocole sur le portage viral et l’orage immunitaire, sans parler de mortalité.
              J’ai l’impression que vous refusez par principe de consulter les études qui sortent sur le sujet et sont favorables à l’HCQ, et pourtant il y en a. Quand les études défavorables (prouvant la nocivité du protocole) sont inexistantes. Un protocole est rarement neutre : ou il est positif, ou il est négatif. Si le protocole Raoult n’est pas négatif pour les malades, il a de grandes chances d’être positif – ce que de plus en plus d’études confirment.

              • Tout mon discours tend à conseiller au gouvernement de laisser les médecins montrer l’efficacité de leurs préconisations, et à ces médecins d’effectuer la validation de ces préconisations avec une grande rigueur logique et statistique. Depuis des mois, je cherche en vain (et je ne me suis pas privé de le dire ici) des études qui montrent que sur des patients de caractéristiques comparables, le traitement apporte une amélioration statistiquement significative. Je suis systématiquement renvoyé à l’argument du parachute, à des études portant sur la mortalité et comparant avec des cohortes où l’âge et les co-morbidités sont significativement différentes, à des vidéos alors que je demande des articles scientifiques, etc.
                Ma carrière m’a apporté deux convictions : 1. l’absence des arguments à l’appui d’une assertion, quand ces arguments ne posent pas de difficulté considérable à être rassemblés, n’est pas anodine, et surtout 2. le « ça ne coûte quasiment rien et ça ne peut pas faire de mal » est une idée fausse, la pire qui soit quand on se confronte aux risques.
                J’ajoute qu’au départ, j’étais plutôt favorable au Pr. Raoult, et que je pourrais même le redevenir si des études randomisées en double aveugle étaient publiées. Mais, comme je l’ai dit plus haut, la vaine attente de ces études et la mauvaise grâce avec laquelle je suis accueilli quand je les demande, au bout de près de 6 mois, me confortent pour le moment dans mes doutes.

                • Je partage la majorité de vos analyses.
                  D’un point de vue déontologique, dans la situation de crise, il me semble toutefois difficile de réaliser des études randomisées en double aveugle. Personnellement j’aurais du mal à la proposer à mes patients. C’est certain qu’avec les études du Prof Raoult, il est difficile de savoir la part spontanée de guérison du traitement. C’est le gros point noir. J’ai eu des patients qui ont eu l’HQC et qui s’en sont sorti et d’autres (plus avancé) qui y sont restés. Ceux qui y sont restés avaient de plus grosses pathologies que les survivants.Les autres patients qui n’ont rien eu sont morts à l’exception d’une seule. Je ne peux pas bien sur généraliser à mon échelle. En tant que soignant la seule donnée pertinente à mon sens est un changement de paradigme de taille : il faut donner plus souvent que l’on pense des antibiotiques aux patients atteints de broncho-pneumopathies virales, ce que pour ma part je ne faisais pas puisque virale !

                • Vous n’aurez jamais ces études randomisées en double aveugle, parce que nous sommes dans une situation de crise, de pandémie, et que tous les médecins du monde un tant soit peu responsables tentent d’abord de soigner leurs malades avec les moyens du bord, en fct de ce qu’ils lisent et entendent, et expérimentent, comme Ours Blanc (qui n’est pas le seul, loin de là, à avoir constaté l’efficacité d’antibiotiques sur le Covid-19). Il est à peu près certain qu’aucun organisme ou centre hospitalier n’arrivera à rassembler une cohorte de patients suffisamment nombreuse, sur la base du volontariat a priori et répondant aux conditions des études randomisées en double aveugle pour cette raison précise. L’échec de Discovery entre autres en est l’illustration.
                  Ceci est différent du cas d’une maladie récurrente et bien connue, dont les traitements existants sont connus mais jugés non satisfaisants, et pour lesquelles constituer une cohorte de malades répondant aux conditions d’une étude rand. en d.a. est possible autant qu’éthique. Aucune volonté de dissimuler quoi que ce soit derrière les études favorables à la chloroquine (dans quel but d’ailleurs ? faire de l’argent ?), juste une question à la fois d’éthique et de pragmatisme.

                  Vous appelez ça comment ? https://www.ijidonline.com/article/S1201-9712(20)30534-8/fulltext

                  Enfin, concernant la mauvaise grâce, mon impression est que c’est vous qui en faites preuve depuis le début, voyez-vous. Votre façon de vous abriter derrière un purisme scientifique pour éviter d’écouter des médecins et profs de médecine comme Parola et beaucoup d’autres, confrontés, eux, à la réalité de la maladie en est l’illustration.

                  Il est quand même frappant que, que vous le vouliez ou non, votre discours sur ce sujet aille, à la fin, dans le même sens que celui de gens dont le parti-pris et même la malveillance ont été mis en lumière à maintes reprises (étude Discovery bidon, étude Lancet bidon, positions de bcp de responsables français, scientifiques et politiques).

                  • Merci pour l’article. Et si refuser les vidéos pour se consacrer aux articles est de la mauvaise grâce, oui, je l’assume, comme je l’ai toujours fait dans ma carrière. En essayant, aussi, de considérer les déclarations et propositions pour leur contenu, indépendamment de ce qu’on peut penser par ailleurs de ceux qui les font ou qui en soutiennent d’analogues. C’est la seule manière que je connaisse d’arriver à des résultats avec des groupes de travail internationaux où se côtoient des individus de nationalités et de convictions politiques pour le moins diverses, et susceptibles d’avoir des intérêts et des objectifs irrationnels, contradictoires, et peu anodins. J’ai participé à de tels groupes pour des riques vitaux mais non médicaux, j’en ai même animé ou présidé, et je suis fier des résultats obtenus, cependant encore une fois, il n’est pas pertinent de faire de lien entre les arguments scientifiques et les individus qui les défendent ou condament.

                  • le biais de confirmation ça existe.. et en fait on a un gros problème beaucoup de gens semblent avoir arrêter leur conviction clairement trop tôt..

                    quand on était sceptique on a été abreuvé de trucs souvent anecdotique et foireux; on voit juste émerger maintenant des trucs qui laissent à penser que..

                    mais en temps que sceptique on reçoit toujours les m^mes propos …pas exemple mauvaise grâce…ou mauvaise volonté, et parfois..accusation de crétinisme..

                    • arrêté anecdotiques

                    • et on peut ajouter qu’on se retrouve dans la situation un peu bizarre où il est demandé aux sceptiques de fournir les preuves de la non efficacité… forcement foireux..

                      mon problème est raoult..ce qu’il a dit..

                      « on a les données »… « je sauve des vies » depuis pratiquement le début..

                      ce n’est pas son traitement ou son efficacité..

                      combien il faut le répéter de fois..

                • Pour finir, j’ai moi aussi des doutes, j’en ai eu plus d’une fois et j’en ai encore partiellement sur l’HCQ – je suis aussi scientifique de formation, agro précisément – et l’étude Raoult sur près de 4.000 patients ne me convainc pas, en termes de mortalité du moins (sur d’autres points comme le portage viral, en revanche, cela me semble plus convainquant) ; mais à un moment, vu la convergence avec d’autres études, faites dans le monde entier, sachant ce que je sais aujourd’hui et qui se précisera certainement à l’avenir, je crois que globalement, le doute n’est plus vraiment permis et s’il est permis, il doit profiter au protocole Raoult ou à ceux s’en approchant (comme celui du Dr Zelenko aux USA).

      • Le parfois me suffit…Parce que bien sûr les participants à l’étude ne sont que des inféodés au pouvoir et d’une nullité effarante…Si tel est votre avis..Vous avez la credibilité d’un mythomane…lol..!!

    • Sauf erreur, l’HCQ ne sert à rien… sur 31 macaques âgés de trois ans en moyenne (plus 8 dans le groupe contrôle). Selon Wikipéd, les macaques sont considérés anatomiquement adultes vers 8 ans environ avec une espérance de vie de 30 ans.

      Pauvres bêtes inutilement torturées ! On va pouvoir leur refiler en urgence une bonne dose de Remdésivir, les effets secondaires mortels du pseudo-médoc hors de prix mettant rapidement fin à leurs souffrances.

  • Sans avoir lu les autres commentaires :

    Excellent travail, beaucoup de références.

    Sur la fin de l’épidémie : quid de l’exemple suédois ? La courbe en cloche dans ce pays indique que, au moins pour la saison 2019-2020, l’épidémie est terminée, au sens où on l’entend habituellement pour la grippe saisonnière. Ce qui signifie que soit le taux de 67% de gens non susceptibles a été atteint (« l’immunité de groupe »), soit les mesures de distance physique et d’hygiène prises dans ce pays sont efficaces et suffisantes pour maintenir la mortalité de ce virus à un niveau acceptable (actuellement, 5600 morts pour une population de 10 millions d’habitants) et en affectant au minimum l’économie.
    Vous me direz, l’année prochaine, si le virus reprend son activité en Suède (devenu saisonnier), les gens seront plus âgés d’un an, et le virus prélèvera à nouveau sa part du butin – les personnes âgées et malades. mais nous serons dans une configuration de maladie infectieuse saisonnière, comme pour la grippe classique (dont on peut remarquer, pour la France, qu’elle n’a pratiquement pas sévi cette année, ce qui pose la question de son « remplacement » par le Covid-19). Sans oublier que dans cette configuration, le virus a toutes chances de muter, et a priori – espérons-le du moins – pas vers une forme plus agressive.

    Je note aussi, à partir de la courbe du nombre d’hospitalisations en France, publiée ici https://www.contrepoints.org/2020/07/22/376548-ne-renoncons-pas-a-nos-libertes-face-a-la-pandemie , que le déconfinement n’a eu aucune incidence sur les hospitalisations, donc a priori sur l’évolution de l’épidémie.

    • En Suède pour avoir un témoignage direct de la deuxième plus grande ville : les suédois n’ont et ne respectent aucune mesure de précaution.

      • Je suis curieux du -1 décerné dés que je parle de la Suède. Ma fille est là bas depuis plusieurs semaines. C’est ce qu’elle décrit à Göteborg. Ce qu’elle a vu aussi à Stockholm. Merci de m’apporter un témoignage ou des faits contraires.

  • Au risque de passer pour un grossier paysan, je voudrais partager un fait simple : les courbes de mortalité montrent un pic entre le 15 mars et le 30 avril, avec une surmortalité de 25.000 personnes sur cette période. Mais depuis le 1° mai, il n’y a plus aucun impact discernable de la covid sur la mortalité en France, quand on la compare aux années précédentes.

    (voir https://www.insee.fr/fr/statistiques/4487861?sommaire=4487854#consulter-sommaire)

    Par ailleurs, le nombre d’hospitalisations tourne maintenant à une centaine par jour, ce qui est peu de chose sur le total (0.5% environ).
    (voir https://www.francetvinfo.fr/sante/maladie/coronavirus/infographies-covid-19-morts-hospitalisations-age-malades-l-evolution-de-l-epidemie-en-france-et-dans-le-monde-en-cartes-et-graphiques.html)

    Dès lors, tous les R0 du monde auront bien du mal à me convaincre que nous sommes « en pleine crise ».

    La constatation de ces faits bruts (brutaux ?) indiquent pour les gens comme moi, un peu simples, que la pandémie est terminée, après avoir suivi la cinétique classique d’une épidémie.

    Certes, le virus circule, et il est bien possible qu’il reste en circulation très longtemps, et qu’il soit le centre de débats brillants entre statisticiens, mais s’il ne fait plus aucun dommage, je ne vois pas pourquoi il faudrait s’en préoccuper davantage que celui d’autres maladies.

    • La crise est économique et sociétale. Les travaux statistiques servent justement à savoir si on peut mettre fin à cette crise sans trop risquer d’encourir une crise sanitaire. Ne pas envisager les conséquences de ses actes n’est pas caractéristique du paysan, mais de l’étatiste qui pense que si par hasard ça tourne mal, il sera toujours temps de faire appel au contribuable et au gouvernement.

    • L’idéal (en l’absence de vaccin et tant que les « médecins » cherchent les traitements qui ne fonctionnent pas) serait de garder un taux de transmission comparable à la grippe. (Afin d’obtenir la fameuse « imunité de groupe » dans un temps connu).

      Plus facile à dire qu’à faire (dépend de mesure de distanciations adaptées) et cela signifie aussi prendre le risque de conséquences neurologiques pour un nombre certain de personnes, ce qui est difficile à accepter pour un politicien car il y aura forcément des questionnements sur leur responsabilité et des demandes de compensations.

    • @THM

      Les statistiques ne sont pas à ignorer car elles sont devenues une composante essentielle de l’exercice des libertés démocratiques.

      L’épidémie de Covid-19 ne peut être considérée comme une simple maladie saisonnière, « comme une autre », ne serait ce que par respect pour les malades gravement atteints avec des séquelles persistantes, et les personnels soignants qui mieux que quiconque pourraient en témoigner !
      il est possible que cette épidémie disparaisse d’elle même pour des raisons inconnues, comme ce fut le cas pour celle du SRAS en 2002-2003 qui s’est éteinte au bout de 9 mois (en tenant compte aussi des mesures d’hygiène st de l’isolement de la population)
      À contrario il est possible qu’elle ne disparaisse jamais complètement,la circulation du virus se poursuivant à bas bruit.
      Affirmer ainsi que « l’épidémie aurait disparu »,semble donc parfaitement prématuré et irréaliste, comme le démontrent actuellement certains pays se voyant dans l’obligation de reconfiner en fonction de la situation.

  • SI PAR HASARD nos dirigeants, par exemple suite à l’arrivée d’une deuxième vague à l’automne ou à l’hiver prochain, décidaient, en plus des mesures existantes, de rendre le port du masque obligatoire en plein air, ce serait NON. En effet, même si la situation créée par ce virus est embarrassante, au point même d’avoir créé des réactions irrationnelles, il doit exister des limites à ce que l’on pourrait appeler la « dictature sanitaire ». Le virus ne s’attrape pas dehors hormis bien sûr dans les rues très très fréquentées. Qui plus est puisque les masques sont pour la plupart des objets décoratifs et inefficaces on ne doit pas les rendre obligatoires en plein air et se contenter de conseiller leur port. Enfin l’obligation de porter le masque dehors serait totalement absurde parce que les mesures qui ont déjà été prises sont suffisantes pour un virus qui, même si on l’a oublié, est de dangerosité moyenne et laisse tout de même 97 % de chances de guérir si l’on est contaminé. Ceci pour dire que l’obligation de porter un masque dans la rue serait une décision excessive, inutile, liberticide et honteuse et que le pouvoir qui, par bêtise, l’imposerait se discréditerait à tout jamais.

    • @jy2m

      « Enfin l’obligation de porter le masque dehors serait totalement ABSURDE »

      Si l’on doit vous comprendre la débauche de précautions et de mesures prises par beaucoup de pays asiatiques, qui ne sont pas tous régis par des dictatures, aurait été inappropriée voire excessive ?

      Les hôpitaux performants bâtis en moins d’une semaine, pour faire face à des contaminations exponentielles auraient été destinés aux seuls 3% de cas gravissimes?

      Le port du masque en Corée du Sud, qui a géré parfaitement cette épidémie, a bien représenté un strict minimum si l’on considère le rôle prépondérant de l’intelligence artificielle qui a permis à ce pays ayant tiré toutes les leçons d’une alerte d’importance en 2015, lors de l’épidémie de MERS Coronavirus,de ne pas confiner en 2020.
      L’évolution de cette pandémie doit surtout être considérée au niveau international, et les expériences vécues par d’autres pays observées à la loupe, puisqu’il n’aura échappé à personne que la planète est bien devenue un village avec les règles intangibles d’une économie mondialisée.

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