COVID-19 : ce que vous devez savoir

Images and B-roll related to the novel coronavirus « Crédit: NIAID-RML » — Crédit: NIAID-RML ,

Comme à l’accoutumée, si ou quand la situation deviendra désespérée, le progrès économique fournira la solution au problème. Pour l’heure, il est possible que le virus reste avec l’espèce humaine indéfiniment ou au moins jusqu’à ce qu’un vaccin soit trouvé.

Par Philippe Lacoude.

Le SRAS-CoV-2, ce nouveau coronavirus du syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS) isolé pour la première fois à Wuhan en Chine en décembre 2019, cause de la maladie du coronavirus 2019 (COVID-19), continue de faire des ravages, s’étend de jour en jour (vidéo), et menace de devenir une sérieuse pandémie.

Nombre de cas officiels en Chine

Première donnée à examiner, le nombre de nouveaux cas journaliers officiels en Chine est à la baisse. C’est à peu près la seule bonne nouvelle…

Encore faut-il faire preuve d’une certaine prudence car la propension du parti communiste chinois à publier des chiffres pittoresques – en particulier les statistiques économiques provinciales – n’est plus à démontrer même si les autorités chinoises ne répriment plus (autant ?) les informations depuis au moins la mi-janvier.

Il faut aussi savoir que les Chinois ont des kits de test ARN (tests PCR) en quantité limitée ce qui empêche de diagnostiquer tous les patients avec la garantie d’un test génétique. Les autres patients sont diagnostiqués par radiographie. Les autorités chinoises ne les comptaient pas au début.

À partir du 10 février 2020, les données incluent les cas de la province du Hubei (capitale Wuhan) qui n’ont pas été testés génétiquement pour le virus mais diagnostiqués cliniquement sur la base d’une imagerie médicale montrant des signes de pneumonie. Les données testées en laboratoire étaient également disponibles séparément du 10 au 15 février 2020.

À partir du 16 février 2020, les données ne comportaient plus le nombre distinct de cas testés génétiquement en laboratoire. Et à partir du 19 février 2020, seuls les nouveaux cas testés en laboratoire ont été comptés dans le total (mais les cas diagnostiqués cliniquement comptés plus tôt n’ont pas été écartés).

Si le nombre de décès est probablement rapporté avec plus ou moins de précision, il n’en va pas de même des malades (car il est plus difficile de cacher un corps qu’un malade). De plus, la vaste majorité des gens ont des symptômes bénins : la plupart des malades n’ont pas séjourné à l’hôpital et sont restés à la maison à attendre que les symptômes passent. On peut évidemment douter que les autorités d’un pays dictatorial s’empressent de tous les compter.

La raison pour laquelle le nombre de cas réels est plus élevé que le nombre de cas confirmés n’est pas (seulement) due à une conspiration pour faire taire les médias et les dissidents mais à une conséquence de tous ces faits.

Si nous examinons les cas confirmés (par tests ARN ou par tomographie, donc) nous constatons que le taux de croissance de l’épidémie de virus COVID-19 ralentit en Chine. Il n’a fallu que 2,5 jours pour passer de 4250 à 8500 cas confirmés. Il n’a ensuite fallu que 3,5 jours pour que les cas confirmés passent de 8500 à 17 000. Il a fallu exactement 5 jours pour doubler le nombre de cas confirmés de 17 000 à 34 000 le 7 février 2020. Le doublement suivant – à 68 000 cas – a pris 8 jours et, encore, ces cas incluent ceux diagnostiqués par radiographie alors qu’avant ce n’était que par test génétique.

Nombre de cas réels

Comme nous le soulignions dans le précédent billet, les cas réels sont bien supérieurs aux cas avérés.

Au 12 janvier 2020, date à laquelle seulement 30 cas étaient signalés par les autorités, il y avait déjà un total de 1723 cas de COVID-19 présentant des symptômes dans la ville de Wuhan, avec un intervalle de confiance à 95 % (IC) de 427 à 4471, selon une analyse statistique de l’Imperial College de Londres.

Au 20 janvier, toujours selon le même groupe, un total d’environ 4000 cas de COVID-19 présentaient des symptômes alors que les autorités n’en comptaient que 291.

Au 25 janvier, John Hopkins University estimait qu’il y avait 20 000 cas réels de COVID-19 en Chine. Selon Lauren Gardner :

« Le modèle de simulation est exécuté pendant une période comprise entre le début de l’épidémie, jusqu’au 25 janvier. Nous estimons ensuite le nombre prévu de cas en Chine continentale, ainsi que la répartition mondiale des voyageurs infectés.

Nous estimons que 40 cas de COVID-19 ont été exportés en dehors de la Chine continentale au 25 janvier, comme cela a été signalé, date à laquelle nous pensons que le nombre de cas de COVID-19 en Chine continentale est probablement beaucoup plus élevé que celui signalé tout au long du mois de janvier.

Plus précisément, nous estimons qu’il y aurait environ 20 000 cas de COVID-19 en Chine continentale le 25 janvier (date à laquelle près de 2000 cas ont été signalés). Nous estimons également qu’il y avait déjà des centaines de cas humains de COVID-19 à Wuhan début décembre. »

Au 25 janvier toujours, selon un article du Lancet, une modélisation complète faisait ressortir le nombre de cas réels à environ 75 815 individus (avec un IC à 95 % de 37 304 à 130 330 cas) avec un taux de reproduction R0 de seulement 2,68 (avec un IC à 95 % de 2,47 à 2,86) et une estimation du temps de doublement de l’épidémie de 6,4 jours (avec un IC à 95 % de 5,8 à 7,1). Rétrospectivement, les études plus récentes ont montré que le temps de doublement était beaucoup plus court et le taux de reproduction probablement double. Ce même jour, les autorités ne comptaient pourtant que 1975 cas.

Au 25 janvier également, des chercheurs du Shenyang Institute of Computing Technology estimaient que le nouveau coronavirus 2019 avait infecté 61 596 personnes (avec un IC de 95 % allant de 58 344 à 64 847 cas) à Wuhan. Les habitants de Wuhan avaient déjà exporté 170 cas à Guangzhou où le nombre de cas réels étaient probablement proche de 315.

Au 29 février, le nombre réel cumulé d’infections à Wuhan pourrait être de 227 989 cas soit au moins trois fois le nombre de cas avérés !

Ainsi, toutes les études convergent : il y a à peu près un mois, l’épidémie était de 10 à 30 fois supérieure au nombre de cas avérés.

Bien sûr, le parti communiste cache probablement l’ampleur du problème (comme l’indiquent les disparitions d’activistes politiques critiques du régime). Mais il est aussi pratiquement impossible de compter le nombre de patients affectés par une maladie dont les symptômes sont parfois bénins. Le système de comptage – à supposer que les chiffres ne soient pas trafiqués – ne cesse de changer , paradoxalement, en partie parce que les autorités de Pékin essaient de satisfaire les critiques.

Une autre raison fondamentale qui explique que les nombres de cas réels soient si différents de ceux des cas avérés vient du fait que les kits de test par ARN (PCR) ne sont pas disponibles en quantité suffisante.

Ce n’est clairement pas une critique du régime chinois. Le code ARN du virus a été établi en un temps record par rapport aux épidémies sporadiques précédentes et des kits ont été mis au point (ou presque au point) très rapidement et la recherche continue avec des publications très récentes (aux États-Unis et en Chine).

Il faut du temps pour passer de la recherche à un produit commercial comme l’ont montré les déboires des tests américains (ici et ) : ce problème de qualité continue d’ailleurs alors que deux Australiens contaminés au coronavirus avaient été testés négatifs. La Chine manquait cruellement de tests au pic de l’épidémie.

Cas en Chine en dehors de Wuhan et de Hubei

En Chine, il est fort notable que la distribution de la maladie est extrêmement concentrée. En fait, la province du Hubei (Wuhan) compte pour plus de 96 % des décès car presque tous les cas (80 %) y sont concentrés. En fait, la seconde région la plus touchée – le Hénan, immédiatement au nord du Hubei – ne compte que pour 0,70 % des décès et 1,56 % des cas.

Fait également remarquable, plus on s’éloigne du Hubei et moins il y a de cas avérés. Si les autorités sanitaires de Wuhan n’avaient pas cherché à masquer l’ampleur du désastre, il n’est pas saugrenu de croire que l’épidémie aurait déjà été maîtrisée. Aucune province chinoise – à part le Hubei et Hénan – n’a eu à souffrir plus de décès que l’Iran ou l’Italie.

Ces remarques sont renforcées par le fait que dans les provinces chinoises autres que l’Hubei, il y a suffisamment de tests ARN : les données épidémiologiques sont donc telles que le nombre de cas avérés par test ARN et le nombre par examens cliniques sont les mêmes. Il n’y a donc pas autant d’écart entre les cas avérés et la réalité de terrain.

A contrario, les centres hospitaliers de Wuhan sont complètement débordés par les évènements. Ceci se traduit d’ailleurs par le fait que les taux de décès y sont probablement proches de 4 % alors que certaines provinces chinoises n’en sont qu’à un peu moins de 1 %. À Wuhan, il est devenu impossible de mettre tous les patients qui en ont besoin sous respirateur.

Dans une étude sur la dynamique épidémiologique des différentes provinces, des chercheurs américains et chinois ont constaté que « l’épidémie ne s’est auto-entretenue que moins de trois semaines, le taux de reproduction atteignant des pics compris entre 1,40 dans la ville de Shenzhen (sud du pays, province du Guangdong) et 2,17 dans la province du Shandong. Dans tous les autres sites analysés, le taux de reproduction a été estimé être inférieur au seuil épidémique depuis fin janvier. »

COVID-19 : pic en Chine ?

Ceci suggère que l’épidémie a atteint son pic en Chine : dans un autre modèle, l’incidence quotidienne du COVID-19 est tombée à moins de 1 % au 25 février pour la Chine et la province du Hubei. Les calculs montreraient que le pic serait atteint le 8 mars pour la ville de Wuhan. L’incidence quotidienne des nouveaux cas aurait culminé en Chine, au Hubei et à Wuhan, mais avec des pentes descendantes différentes.

Dans le détail, ces modèles laissent la place à des hausses futures car les intervalles de confiance sont assez larges : ils ne permettent pas d’exclure des hausses futures bien qu’elles soient statistiquement très peu probables. « Bien que le pic national ait été atteint, une proportion importante de patients asymptomatiques et les infections des événements de super-propagation existent toujours dans la population, indiquant la difficulté potentielle pour la prévention et le contrôle de la maladie. »

Comme il faudra bien envisager le retour au travail, d’autres mesures seront particulièrement cruciales pour arrêter l’épidémie de COVID-19 dans d’autres villes en dehors de Wuhan.

On peut en effet se demander si l’épidémie ne va pas simplement repartir de plus belle dès que la population reviendra à des comportements normaux (ici).

Explosion du nombre de cas en dehors de la Chine

Quoi qu’il en soit de la décrue en Chine, nous faisons face à une explosion dans le reste du monde qui était, hélas, prévisible : nous savions qu’il y a une probabilité de 37 % qu’un cas importé, c’est-à-dire qu’un porteur chinois voyageant à l’étranger – soit suivi d’une transmission interhumaine soutenue. En clair, cela signifie que si 10 Chinois de Chine continentale ont atterri en Syldavie avec le virus, ils y ont probablement contaminé 3 à 4 Syldaves.

La situation est grave en Corée du Sud qui a pris les choses à la légère. Avec près de 1800 cas avérés au 27 janvier 2020, le pays commence à se réveiller maintenant que la banque américaine  JP Morgan Chase estime que le nombre de contaminations pourrait atteindre 10 000 personnes dans les prochains jours.

covid-19

Au 25 janvier, l’Iran annonçait 95 cas cumulés (dont le ministre délégué à la Santé !) et 16 morts. Parce qu’il est plus difficile de cacher un cadavre qu’un malade, le second chiffre est peut-être moins alambiqué que le premier. Mais il faut bien comprendre qu’une maladie qui tue environ 2% de ses victimes – en moyenne 14 jours après l’apparition des premiers symptômes – si elle a fait 16 morts à une certaine date devait affecter 800 personnes 14 jours auparavant !

Nous pouvons donc raisonnablement penser que l’Iran avait 800 patients atteints de COVID-19 dès le 11 février. Pour comparaison, la région de Hénan en Chine a eu 19 morts et 1271 cas cumulés. À supposer que le chiffre de 16 personnes ne soit pas une sous-estimation grossière, cela veut dire que si la maladie progresse aussi vite qu’en Chine – et pourquoi ce serait différent ? – nous avons déjà au moins 31 000 patients en Iran au 25 janvier et sûrement pas le chiffre loufoque de 95 cas cumulés.

Il en va de même pour l’Italie. Si les 11 décès enregistrés au 26 février 2020 étaient bien tous dus au COVID-19, il devait y avoir environ 550 cas – selon l’hypothèse d’un taux de décès de 2 % – au 12 février 2020 et ce pays ne pouvait donc pas avoir « seulement » 323 cas au 26 février. Le nombre de cas réels en Italie doit être au moins trois fois supérieur au nombre de cas avérés par les tests médicaux.

Transmission et incubation

Au milieu du mois de janvier 2020, les scientifiques pensaient que le taux de reproduction de base du virus se situait entre 2,2 et 2,7 (par exemple, ici). Chaque patient infectait en moyenne 2 autres personnes : dans l’article du Lancet suscité, le taux de reproduction R0 est à 2,68 (avec un IC à 95 % de 2,47 à 2,86) et une estimation du doublement de l’épidémie de 6,4 jours (avec un IC à 95 % de 5,8 à 7,1 jours).

Ces chiffres optimistes n’ont pas duré. À la fin février 2020, il apparaissait clair que le R0 se situe peut-être au-dessus de 3,0 : des chercheurs suisses donnent une intéressante distribution de probabilité dans leur papier (figure 1) et montrent que le SARS-CoV-2 est probablement plus contagieux que la grippe espagnole de 1919 ou que le MERS-CoV (figure 2).

Au début de l’épidémie, le nombre de cas doublait tous les 2,4 jours et la valeur R0 devait se situer entre 4,7 et 6,6. Selon les chercheurs, la seule quarantaine et le seul suivi des contacts des individus symptomatiques ne peuvent pas être efficaces : des mesures de contrôle rigoureuses sont nécessaires pour arrêter la transmission du virus comme sont en train de le découvrir l’Italie, l’Iran et la Corée du Sud.

Combiné à ces faits inquiétants, l’incubation asymptomatique est assez longue. Les études préliminaires (ici, ici et ) avaient montré une durée moyenne d’incubation de 4,8 à 7,4 jours en utilisant les données des trois premières semaines de janvier. Un papier référé du New England Journal of Medicine fait état d’une moyenne presque identique de 5,2 jours (avec un IC à 95 % de 4,1 à 7,0 jours) mais souligne un fait intéressant : 5 % des cas ont une période d’incubation de plus de 12,5 jours !

Dans le cas du paquebot Diamond Princess, si on ajoute ces deux faits au confinement à bord, nous comprenons fort bien comment les 3710 personnes se sont toutes passées leur virus les unes aux autres : ce fiasco n’est qu’une répétition de la triste histoire du docteur Liu Jianlun qui avait contaminé 23 personnes qui séjournaient au même étage de son hôtel de Hong Kong en 2003 lors de l’épidémie de SRAS. Ce paquebot devenu laboratoire géant a permis de confirmer que près d’un tiers des infections étaient asymptomatiques et que la plupart avaient eu lieu avant la quarantaine de deux semaines.

Très infectieux ?

Le taux d’infection du COVID-19 est donc très supérieur à celui de SRAS (2002-2003) ou de MERS (2012-2019). Il n’a fallu que 90 jours à COVID-19 pour infecter 8000 personnes contre 230 jours pour SRAS. En un an d’existence, MERS n’avait encore infecté que 108 personnes.

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Au vu du graphique ci-dessus et compte-tenu de l’explosion des cas dans plusieurs pays, nous pouvons nous demander si l’épidémie peut encore être contenue.

Nombre de décès

Le taux d’infection n’est pas le seul problème. Le taux de décès est également très élevé. Aucune étude ne fait état d’un taux de mortalité de moins de 1 % et d’autres vont jusqu’à proposer un taux de 4,3 % (ici, ici et ). Des chercheurs de l’université de Wuhan ont même calculé un taux de létalité de 7 % en se basant sur les 70 548 cas avérés à leur disposition : bien sûr, comme ils l’expliquent (page 7), plus il y a de cas bénins non-recensés et moins la mortalité réelle est élevée.

Nous lisons dans la presse généraliste que ce virus touche principalement les gens âgés. Si cela est vrai, il n’en va pas moins qu’il tue presque 0,2 % de la tranche d’âge 20-40 ans !

À ce titre, les comparaisons avec la grippe sont loufoques. La grippe saisonnière a un taux de décès de 0,01 %, soit 100 à 300 fois moindre que celui du COVID-19. Son taux de reproduction de base est à peine au-dessus de 1,0 ce qui signifie que l’épidémie s’arrête d’elle-même sans mesures drastiques. A contrario, le taux de reproduction de base du COVID-19 est d’au moins 2,5 selon les estimations les plus basses et pourrait donc être de 6,6 selon les estimations les plus hautes mentionnées ci-dessus.

De plus, il existe un vaccin (imparfait) contre la grippe ainsi que des antiviraux qui ne sont pas disponibles pour le COVID-19.

Cent fois plus mortel, beaucoup plus contagieux que la grippe, et sans médicaments efficaces, le COVID-19 n’a pas (encore) fait plus de victimes que grâce aux mesures extrêmement contraignantes prises à son encontre (comme l’incinération des corps).

Pandémie ?

Dès le 27 janvier, alors que le virus n’avait infecté que 2700 personnes en Chine et tué 81 d’entre elles, des scientifiques de l’Université de Hong Kong avaient présenté un briefing avertissant que la propagation du virus mortel de type SRAS qui avait fait son apparition dans la ville chinoise de Wuhan s’accélérait. « Nous devons être prêts à ce que cette épidémie particulière soit sur le point de devenir une épidémie mondiale », avait déclaré Gabriel Leung qui dirige un groupe de chercheurs qui cartographie le virus. « Des mesures substantielles et draconiennes limitant la mobilité de la population devraient être prises le plus tôt possible. »

Il devient difficile de circonscrire cette nouvelle maladie à la Chine. À ce stade, comme le SIDA ou les 4 autres coronavirus humains connus, par exemple, il pourrait rester avec l’espèce humaine indéfiniment ou au moins jusqu’à ce qu’un vaccin soit trouvé.

Pour le moment, toutes les différentes séquences ARN du virus sont très similaires : il n’aurait pas encore muté au sein d’un organisme humain même si certains chercheurs pensent le contraire (ici et ). Un problème serait que, finalement, il mute et devienne une série de souches similaires, mais pas identiques, comme le VIH-1, le VIH-2, le VIH-3. Ou comme les différentes formes de la grippe. Ce ne serait en aucun cas la fin de l’homo sapiens mais ce serait grave.

À un moment donné, les autorités sanitaires vont réaliser que le confinement a échoué – s’il échoue… – et on devra abandonner les mesures collectiv(ist)es et passer à des mesures individuelles. Éviter les événements de masse où l’on n’a rien à faire de productif, adoption du travail à distance pour ceux qui le peuvent, éducation à distance, prophylaxie…

In fine, la solution viendra probablement de la médecine plutôt que du confinement antiéconomique de villes entières par la police : les nouvelles les plus prometteuses sont le vaccin de Moderna, les tests ARN rapides et les antiviraux (ici et ). Comme à l’accoutumée, si ou quand la situation deviendra désespérée, le progrès économique fournira la solution au problème.

En tout état de cause, cette épidémie est peut-être la plus grande nouvelle de 2020 et quelle que soit l’issue de cette crise, les livres d’histoires diront probablement que le résultat final s’est joué début février 2020.

 

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