Pourquoi Omicron pourrait être le dernier variant « préoccupant »

Omicron ne sera donc pas le variant final, mais il pourrait être le dernier variant dit « préoccupant » selon la terminologie de l’OMS.
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Pourquoi Omicron pourrait être le dernier variant « préoccupant »

Publié le 8 janvier 2022
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Par Ben Krishna.
Un article de The Conversation.

La question de savoir si les virus sont vivants reste controversée. Cependant, comme tous les êtres vivants, ils évoluent. Ce fait est apparu très clairement au cours de la pandémie de SARS-CoV-2, le coronavirus responsable du Covid-19 : de nouveaux variants préoccupants ont émergé régulièrement, venant bousculer l’actualité.

Certains de ces variants se sont révélés plus efficaces que les précédentes versions du SARS-CoV-2 pour se propager d’une personne à l’autre et ont fini par les supplanter, devenant dominants.

Cette capacité de propagation améliorée a été attribuée à des mutations de leur protéine Spike (les protubérances en forme de champignon situées à la surface du virus). Ces protéines Spike mutées se lient plus fortement aux récepteurs ACE2 situés à la surface de nos cellules (notamment celles qui tapissent nos voies respiratoires). Or le virus s’attache à ces récepteurs pour entrer dans les cellules et commencer à s’y répliquer.

Ces mutations ont permis aux variants Alpha puis Delta de devenir dominants au niveau mondial. Et les scientifiques s’attendent à ce que la même chose se produise avec Omicron.

Un virus ne peut cependant pas s’améliorer indéfiniment…

Omicron, « meilleure » version possible du SARS-CoV-2 ?

Les lois de la biochimie font que le SARS-CoV-2 finira par développer une protéine Spike se liant à l’ACE2 aussi fortement que possible. À partir de là, la capacité de propagation du virus ne sera plus limitée par son aptitude à se fixer à nos cellules ; d’autres facteurs viendront limiter sa diffusion, tels que la vitesse de réplication de son génome, celle à laquelle il peut pénétrer dans la cellule et la quantité de nouveaux virus qu’un humain infecté pourra produire et disséminer.

En principe, tous ces facteurs devraient finir par évoluer vers des performances maximales.

Omicron a-t-il atteint cet apogée ? Il n’y a, pour l’heure, aucune raison de penser que tel est le cas… Les études dites de « gain de fonction », qui examinent les changements dont le SARS-CoV-2 a besoin pour se propager plus efficacement, ont identifié de nombreuses mutations potentielles qui amélioreraient la capacité de la protéine Spike à se lier à nos cellules. Or Omicron ne les possède pas. En outre, des améliorations pourraient être encore apportées à d’autres aspects du cycle de vie du virus, comme la réplication du génome, ainsi que je l’ai mentionné plus haut.

Mais supposons un instant qu’Omicron est bien le variant « ultime », celui dont la capacité de propagation est maximale…

Et si, limité par les probabilités génétiques, Omicron ne pouvait bénéficier de nouvelles améliorations ? De la même manière que les zèbres n’ont pas développé d’yeux à l’arrière de leur tête pour éviter les prédateurs, il est en effet plausible que le virus du covid ne puisse pas atteindre son maximum théorique : il devrait pour cela obtenir toutes les mutations potentielles nécessaires en même temps – ce qui serait par trop improbable.

Toutefois, même dans un scénario où Omicron serait le meilleur variant en termes de propagation entre humains, de nouveaux variants continueraient à apparaître, et contourneraient nos défenses immunitaires.

Après une infection virale, le système immunitaire s’adapte en produisant des anticorps, qui se fixent sur l’intrus pour le neutraliser, et des lymphocytes T (des cellules immunitaires qui détruisent les cellules infectées). Les anticorps sont de petites molécules protéiques qui reconnaissent spécifiquement certaines portions du virus, tandis que les lymphocytes T reconnaissent les cellules infectées car elles présentent à leur surface des motifs moléculaires résultant de l’infection. Si les mutations subies par le SARS-CoV-2 changent suffisamment son « apparence », il se peut donc que nos défenses immunitaires ne le reconnaissent plus.

C’est pourquoi Omicron réussit apparemment si bien à infecter des personnes déjà immunisées, que ce soit par la vaccination ou par une infection antérieure : les mutations qui permettent à sa protéine Spike de mieux se lier à nos récepteurs ACE2 réduisent également la capacité des anticorps à reconnaître le virus et à le neutraliser.

En revanche, les données de Pfizer suggèrent que les lymphocytes T devraient répondre de la même manière à Omicron et aux variantes précédentes. On a en effet observé qu’en Afrique du Sud, où la plupart des gens sont immunisés, le taux de mortalité du nouveau variant est plus faible.

C’est un point important à souligner : une exposition passée semble donc encore protéger contre les formes les plus graves de la maladie et contre le risque de décès. Nous sommes donc dans une situation de « compromis » : le virus peut se répliquer et réinfecter d’anciens malades, mais ceux-ci ne développent pas de signes cliniques aussi graves que la première fois.

Futur possible

C’est là que réside l’avenir le plus probable de ce virus. Même s’il se comporte comme un joueur professionnel et finit par maximiser toutes ses statistiques, il n’y a aucune raison de penser qu’il ne sera pas néanmoins contrôlé et éliminé par le système immunitaire. Les mutations qui améliorent sa capacité de propagation n’augmentent pas dramatiquement le nombre de décès.

Ce virus au mieux de ses capacités pourrait alors juste continuer à muter de manière aléatoire, se modifiant suffisamment au fil du temps pour que les défenses immunitaires, adaptées à de précédents variants, ne le reconnaissent plus suffisamment, ce qui se traduirait par des réinfections.

Nous pourrions avoir une saison de covid chaque hiver, tout comme nous avons déjà une saison de grippe à la même période. Les virus de la grippe peuvent également présenter un profil de mutation de ce type, connu sous le terme de dérive antigénique : à mesure que le temps passe, leurs modifications entraînent des réinfections. Les virus de la grippe qui résultent chaque année de ce processus ne sont pas nécessairement plus performants que ceux de l’année précédente, mais simplement suffisamment différents pour échapper à l’immunité acquise précédemment.

Le meilleur argument en faveur de cette éventualité pour le SARS-CoV-2 est peut-être que le HCoV-229E, un coronavirus qui provoque un rhume classique, a déjà évolué en ce sens.

Omicron ne sera donc pas le variant final, mais il pourrait être le dernier variant dit préoccupant selon la terminologie de l’OMS. Si nous avons de la chance (et il faut ici rappeler que l’évolution de cette pandémie est difficile à prévoir…), le SARS-CoV-2 pourrait devenir un virus endémique, qui mute lentement au fil du temps.

La maladie résultante entraînerait probablement des signes cliniques modérés, puisque la ou les expositions antérieures auraient forgé une immunité capable de limiter la probabilité d’hospitalisation et de décès. La plupart des gens s’infecteraient alors une première fois enfants, avant ou après une vaccination, et les réinfections ultérieures seraient à peine remarquées… Un nombre restreint de scientifiques continuerait à surveiller les modifications génétiques du SARS-CoV-2, mais les variants préoccupants appartiendraient désormais au passé. Jusqu’à ce qu’un autre virus franchisse à son tour la barrière des espèces…The Conversation

Ben Krishna, Postdoctoral Researcher, Immunology and Virology, University of Cambridge

Cet article est republié à partir de The Conversation sous licence Creative Commons. Lire l’article original.

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  • « De la même manière que les zèbres n’ont pas développé d’yeux à l’arrière de leur tête pour éviter les prédateurs »
    J’avais cru comprendre que les herbivores avaient les yeux sur le côté avec un champ de vision de 180°, et n’ont donc pas besoin d’un troisième oeil dans le fondement…
    J’avais cru comprendre aussi que globalement toutes les espèces avaient gagné la guerre contre les virus … ou disparu !

    « La plupart des gens s’infecteraient alors une première fois enfants, avant ou après une vaccination »
    Le petit couplet nécessaire sur la vaccination…
    Pour les adultes d’age mur, il me semble préférable d’être « pré-immunisé » par un vaccin (testé et validé) : un rhume peut tuer une importante partie d’une population indigène qui n’y a jamais été exposé. Mais appeler à vacciner les enfants pour tout et n’importe quoi avec tout et n’importe quoi, afin de véhiculer des messages me semble plus douteux !

  • Cet article est encore fort négatif par rapport aux données.

    « Le niveau de décès en Afrique du Sud est plis faible. »

    Non. Les décès liés à Omicron y sont quasi inexistants.
    En Angleterre, les séjours à l’hôpital sont trois fois plus courts et bon nombre d’hospitalisations « pour covid » sont désormais des découvertes sur place. (On hospitalise les gens pour tout autre chose, comme un bras cassé, mais comme on teste tout le monde à l’entrée de l’hôpital, on se rend compte que « Tiens, ils ont le covid ».)

    • Et encore il semblerait que le variant Omicron soit plus actif avec les vaccinés qu’avec les non vaccinées (ADE peut-être).
      Perso j’ai eu le Wuhan en mars 2020, j’ai l’Omicron maintenant, j’ai été vacciné entre temps et bien qu’on me dise partout que le variant actuel est plus gentil, mes symptômes sont quasi les mêmes (par contre ça semble plus court, niveau durée, j’avais traîné une gorge inflammée pendant presque deux mois en 2020).

      Quant à votre remarque sur les hospitalisation elle est très juste et valide partout : les « hospitalisation COVID » sont souvent hospitalisations et on trouve le COVID (de même que les « réa COVID » et les « morts COVID ») et ces hospitalisation et réa sont de plus en général très courtes : plus de la moitié des « réa COVID » durent moins de 2 nuits… en général c’est juste une mise en observation quand les médecins sont un peu inquiets. La plupart du temps « pour rien »… parfois hélas ça tourne mal. Et cette mise en réa semble ultra biaisée (croyance aveugle aux « comorbidités » et aux pouvoir protecteur du vaccin -bidon, un homme « obèse », hypertendu et non vacciné de 40 ans à très très nettement moins de chances de faire un cas grave qu’une femme svelte en pleine santé et à jour de son « parcours vaccinal » de 70 ans !) ce qui contribue à entretenir les dits mythes… Prophéties autoréalisatrices qu’on disait naguère !

      • Vos symptômes ne m’étonnent pas. D’après les études, Omicron se multiplierait beaucoup plus que la souche d’origine dans les voies respiratoires hautes… mais nettement moins qu’elle dans les poumons.

  • exact, on est dans la dernière ligne droite avant un rhume, pour l’instant une quasi grippe. (voir les derniers variants apparus qui ne sont pas classés préoccupants). Bien sur il y aura encore des hospitalisations, mais il faut dans ce cas traiter. Remarque : dans une population dont on a obtenu 90% de vaccinés, (record du monde , il parait, sans obligation) , on est arrivé à un résultat remarquable. Si on peut arriver à 100% sur une équipe de foot, c’est « facile », c’est plus difficile sur un grand nombre…. alors que penser d’un objectif à 100% pour un très grand nombre ? sinon une tendance dictatoriale ?… un changement de stratégie serait plus adapté, sauf si…

    • On serait à 89% de vaccinés… Sur les adultes de plus de 20 ans sans contre-indications. Et il y aurait 10% de faux pass donc en fait moins de 80% d’adultes vaccinés.
      D’après Ourworldindata, on est officiellement à 74% de la population totale vaccinée (dont donc, un pourcentage inconnu mais non négligeable de faux) ce qui nous place à la 10e place mondiale. Devant nous, dans les pays que je pense n’obligent personne plus que nous on trouve : Portugal, Chili, Canada, Italie, Japon… Pour la Chine, Cuba, Singapour ou les EAU j’ai des doutes.

      Un record bien Français, par contre c’est le nombre de mensonge proférés par le gouvernement qui sont évidents avec les propres données officiellement du gouvernement, et l’absence totale de contradiction/fact checking par nos médias gardiens de la vérité et leurs scientifiques de plateau pourtant prompts à relever la moindre imprécision chez leurs collègues mieux publiés. La Pravda n’est pas morte, Lyssenko revit !

      • Et le gouvernement décompte sur les « plus de 20 ans » tout en rendant l’injection quasi obligatoire, grâce au pass qui conditionne tout le parascolaire, pour les plus de 12 ans… Pourquoi ??? A part pour du « window dressing » ? 😉

  • un virus n’est jamais ou toujours dangereux EN SOI… il le devient si l’immunité dune population ne sait pas faire…

    il n’y donc pas de réponse ..

    si le virus évolue sans pourvoir contourner l’immunité acquise des populations..il devient moins dangereux..
    si il évolue en contournant l’immunité acquise…il redevient plus dangereux….

    donc nous voulons nous donner un illusion de savoir… car les gens visiblement en ont besoin pour être rassurés..

    donc on explique aux gens que SAUF ACCIDENT…on va aller vers un virus moins mortel…

    et on expliquera que tel augmentation de la dangerosité du virus car il se sera recombiné avec le virus de babouin rouquin du Finistère..est une anormalité, un accident..

    nos évoluons avec les virus depuis longtemps…de temps à autres il y en a qui gagne à un loterie qui est funeste sur les populations sur lesquelles elle sévissent.. car sinon on ne se soucierait plus des virus!!!

    • Je pense qu’avant d’avoir un virus qui échappe vraiment à l’immunité acquise, on peut attendre longtemps. Malgré ses 32 mutations, Omicron est toujours reconnu par une partie des anticorps et toujours vulnérables aux lymphocytes T.

      Cette histoire du variant qui échapperait soudain à toutes nos défenses est un scénario de série B pour garder la population docile. À terme, l’immunité est inévitable.

  • Bon article, sauf que toute les décisions sont prises par rapport au nombre de contaminations, et non pas par rapport à la dangerosité du virus… Ce qui fait qu’Omicron est tout l’inverse de ce que vous dites : le variant le plus dangereux depuis 2 ans…
    D’où notre situation actuelle et notre avenir super radieux avec l’obligation vaccinal, du jamais vu avec un tel virus depuis l’apparition des vaccins…

  • Pour les amateurs de stats :
    La propagation d’omicron est en retard sur certaine zone (dixit les niouze qui comparent la prévalence des variants).
    Quel est la courbe de progression pour Paris seul ? Les parisiens devraient obtenir l’immunité de groupe avant les autres il me semble, et ce devrait être d’autant plus visible avec super-omicron…

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