Coronavirus : une mutation du virus peut inquiéter

Safety gear to provide maximum protection from Ebola by DFID (CC BY 2.0) — DFID , CC-BY

L’inquiétude des autorités est liée à une caractéristique connue de ces virus : leur capacité à muter, en cours d’épidémie, en un nouveau virus hyper contagieux et/ou hyper létal.

Par Richard  Guédon.

La tension monte chez les responsables sanitaires du monde entier mobilisés pour surveiller l’éclosion d’une maladie respiratoire causée par un nouveau coronavirus baptisé « 2019nCoV». Celui-ci a été détecté pour la première fois à Wuhan, dans la province de Hubei, en Chine centrale, fin décembre 2019 et se répand aujourd’hui dans le monde.

1300 cas et 41 morts au 25 janvier 2020

À l’heure ou nous écrivons, 1300 cas ont été identifiés et 41 décès ont été déclarés dont celui d’un médecin de l’hôpital de Wuhan.

Des cas sont aussi signalés dans un nombre croissant de pays à l’échelle internationale, y compris en France où les premiers malades ont été diagnostiqués le 24 janvier chez des personnes revenant de Wuhan, respectivement à Paris et Bordeaux.

Génome du coronavirus publié le 12 janvier

Les autorités sanitaires chinoises ont été les premières à mettre en ligne le 12 janvier le génome complet du 2019nCoV sur le site de la GenBank GenBankexternal icon, banque de donnée génétique en ligne du NIH, Institut National de Santé américain, et sur celui du GISAID, site de partage de données des virus respiratoires de type influenza financé par des fonds publics, privés et caritatifs à l’échelle mondiale.

Cette initiative chinoise précoce facilite grandement la lutte contre la maladie car elle rend possible :

  • de produire très rapidement partout des kits de diagnostic rapide pour les laboratoires de bactériologie chargés d’identifier les virus
  • de comparer les virus à différentes périodes et différents endroits pour repérer les mutations
  • de mettre en chantier très rapidement un éventuel vaccin.

Le 24 janvier le Center for Disease Control américain a publié lui aussi dans la GenBank le génome du virus d’un des patients américains ce qui permet d’obtenir plusieurs indications fondamentales :

  • d’abord ce virus est quasiment le même que celui qui a été « publié » par les Chinois, ce qui confirme l’extension de l’épidémie
  • ensuite l’examen des séquences de gènes des deux virus montre qu’ils proviennent d’une souche récente et unique, car il n’y a que très peu de mutations entre les deux, et qu’ils ressemblent à la fois aux coronavirus présents chez les chauves-souris et au coronavirus du SRAS (Syndrome Respiratoire Aigu Sévère), agent causal de l’épidémie survenue en 2002 – 2003.

Chauves-souris et dromadaires

De temps en temps les coronavirus animaux peuvent évoluer et infecter les humains, puis se propager entre ceux-ci comme on l’a vu avec les précédentes épidémies à coronavirus comme le MERS,  Syndrome Respiratoire du Moyen Orient, provenant du dromadaire et apparu en 2012 en Arabie Saoudite, ou le SRAS parti en 2002 de Hong Kong.

Cette parenté virale permet de penser que la transmission de ce nouveau virus se fait comme celle de ses cousins, par les gouttelettes produites quand une personne infectée tousse ou éternue, tout comme se transmet la grippe.

La contamination des maladies à coronavirus se fait en général entre personnes ayant des contacts étroits, de moins de un mètre, et répétés.

Au début de l’épidémie, à Wuhan, les autorités chinoises ont remarqué que beaucoup de personnes contaminées avaient fréquenté un même marché de fruits de mer et d’animaux ce qui laissait penser à une contamination d’animal à animal.

Coronavirus : contagiosité et létalité

Aujourd’hui on constate que la propagation se produit entre les personnes elles-mêmes mais on ignore encore le niveau de contagiosité réel du virus.

On ignore aussi sa dangerosité véritable car, même si des décès ont été signalés en Chine, on n’est pas sûrs que tous soient en rapport avec le 2019nCoV ; on sait par ailleurs que de nombreuses personnes de Wuhan ont signalé des symptômes respiratoires plus légers, ont guéri et ont été renvoyés chez elles. On ne peut donc pas aujourd’hui comparer un nombre fiable de personnes décédées par rapport à un nombre fiable de personnes atteintes de la maladie.

Mais alors comment évaluer la dangerosité de 2019nCoV ?

En observant la dangerosité de ses cousins responsables d’épidémies précédentes, on voit que le virus du MERS était peu contagieux mais mortel dans un cas sur trois et que celui du SRAS, plus contagieux, a tué 774 pour 10 000 cas connus dans le monde.

Si l’on considère que l’épidémie de grippe hivernale tue en moyenne 10 000 personnes rien qu’en France on pourrait considérer que les chiffres des épidémies à coronavirus sont insignifiants.

La peur des mutants

Mais l’inquiétude et la mobilisation des autorités sont liées à une autre caractéristique connue de ces virus, leur capacité à muter, c’est-à-dire à se transformer, en cours d’épidémie, en un nouveau virus hyper contagieux et/ou hyper létal. Dans ce cas peut survenir une catastrophe sanitaire mondiale comme la grippe espagnole de 1918 qui fit 30 millions de morts dans un monde infiniment moins globalisé qu’aujourd’hui.

Principe de précaution

Sachant qu’il n’y a pas de traitement et pas – ou pas encore – de vaccin, mais qu’on peut limiter la contagion par des mesures simples c’est le principe de précaution qui, légitimement, s’applique.

Le gouvernement chinois, constatant que les cas s’étendent progressivement à de nombreuses provinces, met en œuvre des restrictions drastiques au déplacement des populations et limite les rassemblements en tous genres, fréquents en cette période de l’année pour cause de nouvel an chinois.

À ce jour la Thaïlande, la Corée du Sud, le Japon, Taiwan, Macao, Hong Kong, les États-Unis, Singapour, le Népal, l’Australie, la Malaisie, le Vietnam et, nous l’avons dit, la France ont déclaré des cas et cette liste va s’allonger dans les heures et les jours qui viennent.

Dégâts économiques certains

Les agences de santé américaines, en partenariat avec des fondations (Bill and Melinda Gates), des firmes pharmaceutiques et des start-up spécialisées, promettent un vaccin d’ici trois mois. D’ici là, tous les pays infectés se verront contraints de prendre des mesures du même type que celles de la Chine.

On ignore encore l’ampleur des dégâts humains que causera l’épidémie qui vient de commencer mais nous pouvons être certains que les dégâts économiques seront considérables, particulièrement dans une Chine déjà en proie à un ralentissement de sa croissance économique sans précédent depuis un quart de siècle.

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